В 1590 году, в царствование царя Феодора Иоанновича, шведами был сожжен старый Печенгский монастырь. Неподалеку от обители, там, где был погребен преподобный Трифон, находился скит, при котором жили иеромонах Иона и один из монастырских служебников. Шведы сожгли храм Успения, стоявший над мощами преподобного, замучили монаха Иону и скитского служебника. Семь дней они таились, не смея напасть на монастырь. Но в самый праздник Рождества Христова, когда заканчивалась литургия, внезапно появились на территории обители. Сначала убили всех бывших вне церкви, потом ворвались в храм. Здесь сщи предали мучительной смерти всех монахов и служебников, особенно мучили игумена Гурия и диакона, добиваясь от них монастырской казны. После кровавой расправы шведы подожгли обитель. Когда монахи, отсутствовавшие в монастыре по разным делам, вернулись на пепелище, они собрали остатки обгорелых тел, отслужили панихиду и погребли с честью погибших иноков. В то Рождество погибло 54 монаха и 65 трудников. Вновь строить монастырь на этом месте было опасно, так как Россия находилась в состоянии постоянной войны со Швецией. Иноки написали письмо царю Феодору Иоанновичу, и тот повелел поставить монастырь в крепости города Кола (
В Смутное время, когда почти вся Русская земля находилась под властью поляков и литовцев, Троице-Сергиев, Кирилло-Белозерский и Соловецкий монастыри оставались едва ли не единственными очагами сопротивления иноземцам, символами национальной независимости страны. Мудрая политика соловецкого игумена — преподобного Антония спасла не только Соловецкий монастырь, но и все русское Поморье от вторжения шведов. Антонию пришлось быть игуменом в 1605–1613 годах, когда вокруг Соловков сложилась чрезвычайно непростая дипломатическая и военная ситуация. Русский царь Василий Шуйский просил шведского короля Карла IX помочь ему в борьбе с поляками. Карл помогать, конечно, не собирался, но решил воспользоваться удобным случаем. Ссылаясь на просьбу царя, он написал игумену Антонию письмо, в котором спрашивал, готов ли Соловецкий монастырь принять помощь и впустить шведские войска. Но игумен молчал. В 1610 году царь Василий был низложен и увезен в Польшу. Тогда Антоний написал Карлу IX, что ни он, ни вся Русская земля не желают иметь дела с иностранцами, а выберут себе царя из бояр Московского государства, и отказался сдать шведам Сумский острог. В 1612 году шведские войска окружили беломорские острова Кузова, но, простояв здесь все лето, так и не решились напасть на обитель и покинули Белое море (
В годы польской интервенции около шести лет держал оборону Кирилло-Белозерский монастырь. После неудачной осады Троицкого монастыря отряды поляков, литовцев, казаков и других «воровских людей» двинулись дальше на север и 20 августа 1612 году подошли к Кирилловой обители. Они сожгли все монастырские дворы и хлебные амбары, находившиеся за стенами, но сам монастырь не тронули. Тогда погиб почти весь хлебный запас — 2140 четей, был угнан и посечен монастырский скот — 145 кобылиц, 98 служивых лошадей и 52 жеребчика. В декабре того же года шайки пана Бобовского опять появились под стенами обители и попытались взять монастырь, но атака была отбита. Следующий приступ, в ночь на 11 декабря, которым командовал пан Песоцкий, тоже был безуспешен. Уходя от Кириллова после гибели Песоцкого, поляки будто бы говорили: «Не устояла-де от нас Москва и Великий Новгород и иные многие городы, а Кириллову-де монастырю от нас не устояти» (