Урон, нанесенный монастырю, был огромен. По подсчетам Н. К. Никольского, погибло больше половины населения монастырской вотчины, требовали серьезного ремонта стены и постройки монастыря. Сообщая об убытках, кирилловская братия писала, что за годы литовского разорения в разных городах и промыслах погибло 14 875 рублей 12 алтын с деньгою монастырской казны; сумма по тем временам — грандиозная. Кроме того, погибло множество монахов и слуг, находившихся на монастырских службах за стенами обители. На соляном промысле в Зозотице литовские люди замучили старца Гедеона и пятерых слуг, также были замучены люди на промыслах в Лалеце, Турчасове и других местах. В результате доходные соляные промыслы обезлюдели и пришли в полный упадок. В былые времена с Холмогор привозили по шесть тысяч соляных денег, жаловалась братия, а после разорения в монастырь стало поступать только по тысяче рублей, а то и меньше, и «от того монастырь оскудел, что в казны… приходит мало» (
Малым обителям, которые не могли надеяться на мощь своих стен, приходилось избирать иную тактику. Мудрая предусмотрительность преподобного Адриана Монзенского позволила спасти братию от погибели, а монастырь от разорения. Однажды к преподобному Адриану пришли вестники из Галича, они сообщили, что посады Галича уже разграблены и литовцы на пути к монастырю. Тогда игумен Адриан повелел построить в лесу, на расстоянии одного поприща от монастыря, небольшую клеть, в которой спрятал монастырский хлеб и имущество. Сам игумен и братия ушли в лес. Вскоре пришли литовцы, но нашли монастырь пустым. Два дня и две ночи они пробыли в обители, потоптали засеянные поля и, оставив огонь в монастыре, чтобы он сгорел, покинули его. Вернувшаяся братия нашла свою обитель в ужасающем беспорядке, по двору валялись котлы и другие сосуды, которые нельзя было увезти, конюшня была пустой. Но, главное, монастырь был цел, огонь не причинил ему никакого вреда, и даже два коня, на радость братии, скоро прибежали из леса. Осмотрев монастырь, иноки направились к заветной лесной клети, но по дороге натерпелись немало страха: вся тропинка до клети была истоптана людьми и копытами коней. Каковы же были радость и изумление братии, когда они увидели клеть и ее замки неповрежденными. Молитвами братии и ее святых основателей обитель была спасена от разорения и голода.
Постоянными спутниками монастырской жизни были пожары. Часто случалось так, что монастыри выгорали дотла: огонь уничтожал постройки, иконы, рукописи, документы. Поэтому мы мало что знаем о начальной поре существования обителей и о жизни их основателей. В 1596 году в монастыре преподобного Арсения Комельского сгорела теплая (зимняя) церковь, освященная когда-то самим преподобным. Вместе с книгами сгорело и древнее Житие святого, только в монастырской дохее (кладовой) сохранилась «малая хартия» (небольшая грамота), на которой был записан краткий рассказ о преподобном Арсении. Монастырь Антония Сийского несколько раз исчезал в огне пожара, но всегда его восстанавливали заново. Однажды после сильного пожара, во время которого в обители сгорели две церкви, случилось удивительное: икону Троицы, которую написал сам святой Антоний, нашли посреди монастыря, неповрежденную огнем. В летописце монастыря подробно перечисляются пожары разных лет, потери, приводятся сметы расходов на возобновление обители. 2 мая 1658 года, в воскресенье, один из иноков, совершая службу часов в своей келье, решил покадить святые иконы и случайно выронил уголь. Загорелась келья, за ней вторая, с молниеносной скоростью огонь стал распространяться по направлению к Святым воротам обители. Сгорела деревянная колокольня, а колокола на ней «растопилися», загорелись кровли у каменных церквей, в соборной церкви сгорели все иконы. И паникадила «растопились». К счастью, уцелела казенная палата со всем добром: «пламень и уголья летало в окна с огнем и тамо погасло». В трапезной сгорели окна, а деревянная келарская выгорела вся. Во время этого страшного пожара монахи стали свидетелями необычного явления. Смоленская икона Пресвятой Богородицы осталась невредимой: «Той же пречюдной иконы ни воня дымная прикоснуся, ниже левкас зде спыхнул, якоже у прочих, ни пелена» (