Переехав в новую столицу, Тайная канцелярия оставила в Москве свой филиал, который был упразднен только в мае 1723 года, а его дела передали Преображенскому приказу. С самим Преображенским приказом Тайная канцелярия действовала параллельно, но близость последней к царю делала ее более важным учреждением. Поступившая Петру в 1720 году жалоба на действия чиновников Преображенского приказа была по царскому повелению передана для рассмотрения в Тайную канцелярию. После смерти старого «князя-кесаря» его сын и преемник не мог конкурировать с влиятельным Толстым. Однако в том же 1720 году функции обоих учреждений были разграничены. Тайной канцелярии были поручены сыск и суд по политическим преступлениям в Петербурге и ближайших к нему городах, то есть наиболее важные дела; юрисдикция Преображенского приказа распространялась на всю остальную территорию страны. Указ 28 апреля 1722 года формально уравнивал Тайную канцелярию с Преображенским приказом. Местные «командиры» должны были «сыскивать» злодеев и оскорбителей величества, заковывать «в ручные и ножные железа» и, «не роспрашивая, присылать в Тайную канцелярию или в Преображенский приказ за крепким караулом». С ними вместе полагалось и «доносителей для обличения их высылать в те же означенные канцелярии за поруками, а буде порук не будет, за провожатыми под честным арестом».[46]
В последние годы жизни Петр, очевидно, стремился усовершенствовать систему расследования важнейших государственных преступлений и его занимал вопрос о компетенции Преображенского приказа. В одной из царских записных книжек 1722 года есть запись: «Определить, каким делам быть в Преображенском приказе». В том же году указ от 29 апреля уточнил, что дела приказа состоят в расследовании обвинений «в дурных словах или деле к возмущению и тому подобных». Доклад И. Ф. Ромодановского от 6 июня 1722 года содержал просьбу: пока «ныне не все государство определено», то есть реформа не закончена, гвардейские полки оставить в ведении приказа, как и судебные дела гвардейцев.[47]
В конце 1723 года Петр I велел распустить все майорские розыскные канцелярии, которым по завершении их работы велено было сдать дела сначала в Сенат, а затем в Преображенский приказ. В январе 1724 года Петр распорядился «следующияся в Тайной розыскной канцелярии дела важные решить. А вновь прежде бывшим колодников и дел присылаемых ниоткуда не принимать; понеже оставшие за решением дела отослать в Правительствующий Сенат и с подьячими». Однако из-за смерти царя эта реформа до конца доведена не была. Тайная канцелярия продолжала работать, заканчивая сопутствовавшие делу царевича розыски и расследуя государственные преступления, совершенные преимущественно в Петербурге.
В мае 1726 года Тайная канцелярия была ликвидирована. Ее функции передали Преображенскому приказу и чрезвычайному высшему органу власти – Верховному тайному совету из шести министров, который взял на себя дела по текущему управлению страной при неспособных ими заниматься неграмотной императрице Екатерине I (1725–1727) и юном Петре II (1727–1730).
Указ от 26 августа 1726 года разрешил губернаторам предварительно рассматривать изветы по «первым двум пунктам»: если заявитель не признавался, что затеял донос ложно, и не менял показаний под пыткой, его надлежало отправлять в Москву.[48]
Дела по «третьему пункту» (о значительных хищениях казны) передавались обычным судам. В марте 1729 года старый и больной Ромодановский попросился в отставку, которая была принята. С уходом последнего «князя-кесаря» был упразднен и его приказ: Верховный тайный совет распорядился отныне подавать ему дела «по первым двум пунктам», а «прочие, в которых меньше важности», – в Сенат.[49] «Верховники» стремились сосредоточить в своих руках важнейшие политические дела, и подобная параллельная структура им была не нужна.Однако неясность в классификации розысков по «большей» и «меньшей» важности привела к тому, что на заседаниях высшего органа государственной власти его членам приходилось лично принимать и рассматривать доносы, допрашивать дворовых мужиков и сортировать прибывавших колодников. «Верховники» образовали комиссию для рассмотрения подобных дел: под руководством «министра» князя Д. М. Голицына этим занимались генерал А. Волков и обер-комендант Петербурга И. Фаминцын. В 1727 году они несколько раз докладывали Совету по «розыскным делам»;[50]
но после свержения Меншикова его «креатуры» Волков и Фаминцын попали в опалу и комиссия фактически распалась. Местные администраторы считали за лучшее перестраховаться и отправляли в столицу обычных уголовников и ложных доносителей, по злобе или вообще «напрасно» кричавших «слово и дело».[51] В 1729 году на территории только что упраздненного Преображенского приказа находилось целых семь тюрем, где 485 колодников содержались под надзором 625 солдат Преображенского полка (петровская гвардия, помимо прочих функций, арестовывала, охраняла и конвоировала государственных преступников).