Затем дальний родственник Макарова подьячий Василий Калинин, споривший с ним о наследстве своего дяди, в августе 1732 года явился к руководителю Московской конторы Тайной канцелярии графу Семену Андреевичу Салтыкову с доношением, содержавшим целую обойму обвинений против бывшего всесильного министра, и беспокоился за свою безопасность: «Также прошу придать мне для охранения лейб-гвардии солдат двух или трех человек для того, Алексей Макаров и Петр Стечкин (племянник Макарова. –
Инициатором расследования – пожалуй, самого масштабного в 1731–1732 годах – стал влиятельный новгородский архиепископ Феофан Прокопович, стремившийся связать Макарова с другим делом – бывшего архимандрита Маркелла Родышевского, выставив кабинет-секретаря его покровителем. Эта история началась еще в 1726 году, когда Феофан сдал в Преображенский приказ Маркелла, до того времени находившегося в его окружении, по делу о расхищении казны Псково-Печерского монастыря, заодно обвинив его в «притворении некоторых мятежных повестей для смущения народа и для опечаления ее императорского величества».
Маркелл ответил доносом из 47 пунктов, обвинив новгородского архиерея в «неправославии»: якобы Феофан не признает творений святых отцов, не почитает икон («образы святых называл идолами»), порочит богослужебные книги, держит у себя в доме непозволительную для духовной особы музыку, «монашество и черниц желает искоренить» и «говорит, что учения де никакого доброго в церкви святой нет, а в лютеранской де церкви все учение изрядное».
После доклада Тайной канцелярии императрица Екатерина I приказала получить у Феофана объяснения, одновременно выпустив из-под ареста Родышевского. В 1728 году Маркелла перевели в Москву. Проживая в Симоновом монастыре, он написал ядовитый памфлет на своего гонителя – «Житие новгородского архиепископа еретика Феофана Прокоповича». Распространением его сочинения занимался иеродьякон Иона, который и сам добавил немало в текст этих «тетратей», где Родышевский критиковал петровские указы о монашестве, полагая, что их истинным автором был Прокопович. Тут уже в приверженности к протестантству обвинялся не только «западник» Феофан, но и сам Петр I: «Насадил лютеранство, законную свою царицу убрал, а в тое место поставил другую от исповедания лютеранского, патриарху в России быть не велел, сына своего убил до смерти». Родышевский в новое царствование осмелел настолько, что доношение на Феофана подал самой императрице Анне, критиковал «Духовный регламент» и другие данные Петром Великим законы.
Почувствовавший опасность Прокопович перешел в наступление. По его настоянию оба фигуранта были в 1731 году арестованы; Иона «извержен» из сана и далее проходил в деле как «рострига Осип». Феофан подозревал, что за этими людьми стояли его давние недоброжелатели в самом Синоде – коломенский митрополит Игнатий Смола, ростовский архиепископ Георгий Дашков (оба сосланы в 1730 году) и тверской архиепископ Феофилакт Лопатинский.