Двенадцать лет отделяли первые Генеральные Штаты в Блуа от вторых, собравшихся в городе осенью 1588 года. Их вызвала одна и та же причина, а именно, необходимость найти денежные средства для восстановления единства веры, своевременного судопроизводства и, наконец, гарантии нерушимого государства. Но если в 1576 году король действовал по своей воле, то теперь он почувствовал серьезное давление угрожающей по величине общественной силы — Лиги. Это объединение католиков и приверженцев герцога Гиза стремилось вынудить Генриха III уничтожить протестантскую партию. Однако монарх на это не решался. После смерти наследника престола — его брата Франциска-Эркюля Анжуйского в 1584 году трон мог унаследовать только Генрих Наваррский, глава реформаторов. Переговоры с ним при посредничестве королевы-матери отнимали у короля много времени. Герцог Генрих Гиз, напротив, решил одержать победу над наваррцем. В 1585 году он объединился с Филиппом II Испанским, который пообещал ему 600 тысяч экю (увеличив впоследствии эту сумму до миллиона) на покрытие расходов, связанных с началом войны против протестантов.
Парижская Лига завладела почти всем королевством. Подставным лицом, за которым укрывался герцог, был старый кардинал Бурбонский, дядя короля Наваррского, объявивший себя первым принцем крови. Он объявил себя единственным законным наследником французского престола в силу своей приверженности католической вере. В июле 1585 года Гиз и Бурбон навязали королю Немурский мир, по которому он брал на себя обязательство навсегда запретить проведение протестантских служб. Это послужило объявлением войны протестантам, но военные действия были недолгими. Однако Гиз успел получить известное ранение в щеку, из-за которого его прозвали Меченым. Чтобы помешать любым соглашениям государя с Генрихом Наваррским, Гиз решил в апреле 1588 года захватить в плен короля и убить его главного фаворита — герцога д'Эпернона (другой его миньон, Жуайез, недавно погиб в бою). 8 мая, несмотря на запрет короля, Гиз приехал в Париж. В ответ государь ввел в столицу французскую и швейцарскую гвардии, но этим лишь подлил масла в огонь. 12 мая горожане Парижа вместе со студентами стали возводить баррикады. Опасаясь пленения, 13 мая король бежал из города, а 14-го укрылся в Шартре, оставив в Париже на положении заложников королеву-мать и супругу.
Для того чтобы остановить жестокий мятеж, король пообещал созвать Генеральные Штаты и в июле опубликовал эдикт, по которому все его подданные должны были вступить в Лигу. Он дал ей название Святого Союза и рассчитывал сделать ее государственной партией. По указу от 15 июля созыв Генеральных Штатов намечался на 15 сентября в Блуа. За согласие лидерам Лиги были оказаны многие милости, а герцог Гиз стал генерал-лейтенантом армии. Но его авторитет и реальная власть в королевстве уменьшились после поражения Непобедимой Армады, созданной Филиппом II с согласия французской Лиги против Англии; об этом стало известно в середине августа.
Тем не менее выборы депутатов Генеральных Штатов прошли во всем королевстве, так как было невозможно дольше откладывать их созыв. Лига добилась того, чтобы избрали как можно больше ее приверженцев: 134 депутата от духовенства, 150 (из 191) от третьего сословия и 180 депутатов от дворянства явно симпатизировали Гизу и Лиге. Все они начали съезжаться в Блуа. Король прибыл в город 1 сентября 1588 года. Политика с ее страстями занимала первое место среди прочих дел.