Как только Генрих III приехал, 8 сентября он внезапно решил полностью обновить кабинет министров, большинство членов которого были назначены на свои должности королевой-матерью и пользовались ее доверием. Кажется, папе Сиксту V король объяснил это тем, что хотел заранее удовлетворить депутатов, удалив неугодных им государственных секретарей, предлагавших слишком жесткие меры для выхода из финансовых затруднений. Но этот поступок выглядел вызовом по отношению к Екатерине Медичи, и она почувствовала себя оскорбленной. В королевских покоях разыгралась сцена, отзвуки которой слышал посол Мендоза. Поводы для отставок были разнообразны. Канцлер Филипп Юро граф Шеверни был обвинен в должностном преступлении; Помпон де Бельевр, суперинтендант государственных доходов — в сговоре с гугенотами; Никола де Нёфвиль де Вильруа — в слишком больших амбициях: он хотел лично вступить в переговоры с королем. Государственного секретаря Брюллара обвинили в том, что он — ничтожество, а государственного секретаря Пинара — что он мошенник, способный продать родных отца и мать. На их место король назначил Франсуа де Монтолона — хранителем печати, Мартена Рюзе и Луи де Револя — секретарями. В то же время опала и отставки поразили преданных слуг Короны — Робера де Гомбо, первого дворецкого короля; Пьера Моллана, главу казначейства; Франсуа де ла Гранжа, правителя Мелёна. В действительности же, якобы умасливая Штаты, государь отделался от некоторых из своих советников, которых подозревал в симпатиях к герцогу Гизу и Лиге.
К 16 сентября депутаты третьего сословия собрались в ратуше Блуа и начали проверку своих мандатов. Их сопровождали друзья и любопытствующие. Остальные депутаты приехали уже во время сессии, и среди них два главных свидетеля эпохи — Мишель де Монтень и Этьен Паскье. Однако 19 сентября король послал к депутатам Никола д'Анжена, господина де Рамбуйе, который предложил им не начинать заседаний, пока все не соберутся. Треть депутатов направилась в замок просить государя назначить точную дату, но они ничего не добились. Однако в воскресенье 2 октября депутатов всех сословий было уже достаточно, чтобы принять участие в большой процессии в честь праздника Тела Господня. Кортеж двинулся из церкви Христа Спасителя, расположенной на заднем дворе замка. Впереди депутатов шествовали король, королевы и принцы. Пройдя через весь город, они миновали по мосту Луару. Под балдахином, который держали четыре рыцаря ордена Святого Духа, архиепископ Экский нес Святые Дары. Наконец все пришли в церковь Нотр-Дам-дез-Эд, что в предместье Вьенны на другом берегу Луары, где прослушали мессу, которую отслужил Рено де Бон, архиепископ Буржский. Господин де Сент, епископ Эврё, прочел проповедь, и эта церемония ознаменовала открытие Генеральных Штатов.
Со следующего дня депутаты объединились по сословиям. Кардиналы Бурбонский и Пиз были назначены президентами от духовенства; Шарль де Коссе, граф де Бриссак, и Антуан де Невиль, барон де Маньак в От-Марш — президентами от дворянства; Мишель Марго, сеньор де ла Шапель и прево Парижа — президентами от третьего сословия. Все эти люди полностью подчинялись Гизам. Отсутствие принцев крови задержало начало работы: кардинал Бурбонский был болен, Шарль, граф де Суассон, — отлучен от церкви за то, что объединился с Генрихом Наваррским, но король прилагал все усилия, чтобы отменить это решение. Имелись и другие проблемы, задерживавшие начало работы Генеральных Штатов, например то обстоятельство, что герцоги де Невер и де Немур оспаривали друг у друга первенство, а также проверка законности результатов выборов. Духовенство требовало, чтобы король возобновил эдикт о Союзе и депутаты принесли клятву. Третье сословие приняло это предложение; дворянство тоже, но без энтузиазма. Июльский эдикт предполагалось сделать основным законом королевства, принятым всеми тремя сословиями.
13 октября делегация из 36 депутатов от трех сословий подала такое прошение королю. Генрих III отклонил его и призвал депутатов поразмыслить о возможности предоставления ему полутора миллионов ливров на насущные нужды Короны. Он грозился разогнать Генеральные Штаты в том случае, если от него потребуют присяги, но единственное, чего он смог добиться от депутатов, — это отсрочки. Принесение присяги должно было состояться после официального открытия Генеральных Штатов.