Благодаря своему таланту медиума (или, может быть, хитроумного чревовещателя) Келли получил широкую известность. Однако в Праге он прославился как алхимик. Ди тоже считал Келли выдающимся алхимиком. Еще одним поклонником дарований Келли был дипломат Эдвард Дайер, который усердно «занимался химией» под руководством Келли и присутствовал при одном из опытов трансмутации, осуществленных Келли в Праге. «Я видел это собственными глазами, — вспоминал он позже, — в противном случае я просто бы не поверил, что такое возможно. Я увидел, как мастер Келли поместил исходный металл в тигель и, немного нагрев его на огне, добавил совсем малую толику особого снадобья, помешивая смесь деревянной палочкой, после чего почти весь металл превратился в отменное золото, что подтвердилось и на ощупь, и при ударе молоточком, и при всех других проверках».
Когда Ди в 1589 году вернулся в Англию, Келли остался в Праге. Благодаря своей репутации искусного алхимика он стал широко известен, богат и даже был возведен в рыцарское достоинство.
Однако карьера Келли длилась недолго. Вскоре он был арестован и заключен в тюрьму. Мотивы ареста тоже противоречивы — одни утверждают, что Келли отказался раскрыть Рудольфу тайну превращения металлов в золото, другие — что он был разоблачен императором как обманщик. Вскоре Келли отпустили, но отстранили от двора. Благосклонностью Рудольфа пользовались теперь другие алхимики, а Келли был по уши (что звучит несколько двусмысленно, учитывая, что ушей у него не было) в долгах. Вскоре он был вновь арестован. Существует слух, будто причиной этого ареста была дуэль, во время которой Келли ранил помощника одного алхимика, но, скорее всего, дело объяснялось все теми же невыплаченными долгами. После ареста его заточили в замке города Мост. Во время рождественских праздников 1597 года он попытался спуститься по стене тюрьмы, но сорвался и сломал ногу. Вскоре после этого Келли умер, так и не выйдя на свободу.
В Старом Месте, на улице Янский Вршек, есть дом № 8, называемый «У осла и колыбели», — именно там жил Келли в Праге.
Эдвард Келли — гадатель по трупам и фальшивомонетчик. За второе ему отрезали уши, и он был вынужден носить длинные волосы, чтобы скрыть уродство. Однажды он купил у бродяги две шкатулки — с белой и алой пудрой, превращающей свинец в серебро, а олово — в золото. В придачу Келли получил «Книгу Дунстана» с рецептами приготовления алхимической пудры.
Книга была зашифрована, и Келли отправился к Ди. Устами Келли ангелы велели Ди перебраться в Прагу на Златую Уличку. Прибыв к императору Рудольфу II, Ди сказал: «Ангелы Бога истинного явились мне, дабы я упрекнул вас за ваши грехи». Рудольф, однако, не покарал пришельца, глядя, как он вместе с Келли совершает трансмутацию. Когда попытки короля выманить у них книгу и пудру не увенчались успехом, Рудольф выделил им помещение в доме на Златой Уличке под номером 13 и щедро осыпал дарами. Келли обезумел от неожиданного богатства и забросил опыты, а Ди безуспешно пытался понять шифр книги. Но через три года Елизавета отозвала Джона Ди назад в Англию.
Келли предпочел остаться в Праге, обладая баронским титулом. Но вскоре пудра, превращающая металлы в золото, закончилась, а «Книгу Дунстана» он так и не смог прочесть. Разгневанный Рудольф заточил алхимика в неприступный замок, где тот погиб при попытке к бегству.