То ли противоядие Горсея помогло, то ли доза яда оказалась недостаточной, но царица Мария выжила. Однако практически нет сомнений, что, убив царевича, Годунов попытался замести следы и убрать свидетелей своего преступления, прежде всего мать наследника престола.
Трагична судьба не только святого царевича Димитрия, зарезанного в Угличе (†1591), но и других сыновей царя Иоанна: царский первенец, тоже Димитрий, утоплен в реке кормилицей (†1553), царевич Иоанн отравлен (†1581), отравлен и царь Феодор Иоаннович (†1598). Неизвестна причина смерти двух сыновей царя Иоанна, (оба — Василии, †1560 и †1563), умерших во младенчестве.
Не стоит думать, что во всех преступлениях против царской семьи виноват только Годунов. Например, в год смерти царицы Анастасии он был еще ребенком, а Великая княгиня Елена скончалась задолго до его рождения.
Скорее всего, здесь имеет место сложная взаимосвязь многих факторов, и прежде всего династическая, политическая, идеологическая и религиозная борьба. В противостоянии Великокняжескому семейству, а впоследствии царю объединились и Старицкие князья, и аристократическая верхушка тогдашнего общества, и представители разгромленной, но недобитой ереси жидовствующих, и внешние враги Московского государства.
Об этом свидетельствует тесная связь между Владимиром Старицким и членами «Избранной Рады», дружеские отношения с А. Курбским. С другой стороны, легко просматривается и связь Старицких князей с Великим Новгородом. Когда князь Андрей Старицкий, отец Владимира Старицкого и дядя Иоанна Грозного, поднял против семилетнего Великого князя мятеж, он попытался опереться не на свой Старицкий удел (что было бы вполне естественно), а бежал в Новгород. Именно новгородские помещики и дети боярские в первую очередь его поддержали. Они же больше всех за это и поплатились: три десятка мятежных новгородцев были повешены вдоль дороги из Новгорода в Москву.
Когда, 30 лет спустя, сын Андрея Старицкого, князь Владимир возглавил заговор против царя, ему обещали оказать содействие не только польский король, но и новгородские «лучшие люди».
Новгород всегда отличался жесткой антимосковской политикой и смотрел одним глазом на Запад. Но, помимо чисто политических противоречий, Новгород стал также и центром распространения на Руси ереси жидовствующих. Именно появление этой ереси в Московском Кремле вызвало династический кризис конца XV — начала XVI вв., когда в противоборство вступили две линии потомков Великого князя Иоанна III: от первой жены, Марии Тверитянки, и от второй — Софии Палеолог. Нет никаких причин сомневаться в том, что и впоследствии представители ереси жидовствующих пытались сыграть на разногласиях в великокняжеском (и царском) семействе.
Как было сказано выше, вместе с новгородцами и Старицким семейством в заговоре 1568–1569 гг. участвовали и поляки. Однако Польша всегда действовала по прямому указанию Ватикана и под его непосредственным руководством. Весьма показательна в этом смысле роль также уже не раз упоминавшегося папского нунция Антонио Поссевина, бывшего генератором идей, направленных на уничтожение Православия. Но веру Православную в России охраняла царская власть. Поэтому все свои силы Поссевино бросил на борьбу с Грозным царем.
Когда не удалось сломить его силой, и войска Стефана Батория обломали свои зубы о Псковскую твердыню, когда царь отказался даже обсуждать возможность о «мирном слиянии» Православной Русской Церкви с еретиками-католиками, Поссевино стал клеветать на государя и распространять слухи об убийстве старшего сына.
Но только клеветой дело не ограничилось. Поссевино знал о близкой смерти царя Иоанна и сообщил о том Венецианскому правительству. В то время Венецианская республика была одним из самых могущественных государств Средиземноморья, обладала мощным военным флотом и вела беспрерывные войны против Турции за военную и торговую гегемонию.
К этой войне Венеция и Священная Римская империя (Австрия) неоднократно пытались привлечь и Россию, маня еще деда Иоанна Грозного завоеванием Константинополя (как наследства, полагающегося ему после брака с Софией Палеолог). За участие в войне с турками австрийский император обещал «короновать» Русского Великого князя и дать ему звание короля (что было с достоинством отвергнуто).
Так что Рим, Венеция и Австрия были бы не прочь увидать на Русском Престоле более сговорчивого правителя. Как для того, чтобы привести Русскую Церковь к Унии с Римом, так и для привлечения России к военному союзу против Турции.
Учитывая такие обстоятельства, нет ничего невероятного, что к концу царствования государя Иоанна Васильевича Грозного к участию в заговоре был привлечен и Борис Годунов. Перед ним были развернуты заманчивые перспективы: устранить царевича Иоанна и Грозного царя, стать правителем при своем шурине, царе Феодоре, а затем, после смерти последнего из Рюриковичей, самому сесть на престол.