С началом Отечественной войны все части войск НКВД СССР, оказавшиеся в полосе военных действий, приняли непосредственное участие в боях вместе с Красной армией. Деятельность пограничных войск НКВД в отчетный период разграничивается на два этапа. Первый — период пограничных сражений и отхода. Второй — с момента стабилизации фронта и последующего перехода Красной армии в контрнаступление.
В этих боях пограничники проявили большое мужество, упорство и заслужили высокую оценку полевого командования. Особо отличились: 18-й погранотряд (бывший Белорусский пограничный округ), 91-й и 92-й пограничные отряды (бывший Украинский пограничный округ), 23-й и 25-й пограничные отряды (бывший Молдавский пограничный округ), 26-й пограничный отряд (бывший Черноморский пограничный округ).
С момента нападения противника по всей западной границе СССР пограничные отряды приняли на себя первый удар и в течение длительного времени стойко и самоотверженно сдерживали натиск превосходящих сил противника до подхода частей Красной армии. При отходе от государственной границы пограничные части непрерывно участвовали в арьергардных боях как в составе войск Красной армии, так и самостоятельными группами.
Пограничные войска Мурманского и бывшего Карело-Финского пограничных округов в силу особых условий обстановки на этих театрах военных действий с начала войны и до октября 1941 г. участвовали в боях с противником в составе соединений Красной армии, будучи оперативно подчинены командованию последних.
Другой особенностью использования наших войск на этом участке фронта являются разведывательно-диверсионные действия в глубоком тылу противника и на его коммуникациях. В результате действий разведывательно-диверсионных групп по тылам противника только пограничных частей Мурманского округа (всего совершено 70 рейдов) было убито и ранено 4 395 солдат и офицеров противника, захвачено в плен 74 человека, уничтожено на аэродромах и сбито ружейно-пулеметным огнем 10 самолетов, подбито и уничтожено 8 танков, разрушено 143 дзота, сожжено 8 складов с продовольствием, боеприпасами и другим военным имуществом, захвачено 600 винтовок, 50 станковых и ручных пулеметов, 2 орудия и много другого военного имущества и боеприпасов, взорвано 18 мостов на шоссейных и железных дорогах, 1 воинский эшелон и разрушено 48 пролетов связи.
Активными действиями этих групп по тылам противника последний был поставлен на своих коммуникациях в положение обороняющейся стороны. Кроме того, этими действиями была сорвана попытка нападения противника на наши тылы на этом участке фронта.
Активные диверсионно-разведывательные действия частей пограничных войск по охране тыла Карельского фронта успешно продолжаются и до последнего времени.
Постановлением СНК СССР от 25 июня 1941 г. за № 1756—762сс на пограничные войска НКВД была возложена охрана войскового тыла фронтов Действующей Красной армии. В соответствии с этим постановлением перед войсками были поставлены следующие задачи: а) наведение порядка в войсковом тылу; б) очистка тыловых дорог от беженцев; в) задержание дезертиров; г) борьба с диверсантами; д) очистка тыловых путей сообщения от беженцев и регулирование подвоза и эвакуации.
Общая численность войск НКВД, привлеченных к выполнению этих задач, составляла 163 тысячи человек, из них пограничников — 58 733 человека, сведенных в 36 пограничных отрядов, 4 резервных погранполка и 2 погранбатальона.
Приказами НКВД СССР за № 001379 от 25 сентября 1941 г. и за № 001409 от 29 сентября 1941 г. пограничные отряды были переформированы в пограничные полки.
Всего по охране тыла фронтов в данный момент занято 36 погранполков, 4 погранотряда, 3 отдельных погранбатальона и 2 отдельные погранкомендатуры.
Общая штатная численность погранвойск, охраняющих тыл фронтов Действующей Красной армии, составляет 67 610 человек, списочная численность — 46 390 человек.
На втором этапе, начало которого относится к ноябрю 1941 г., боевая и оперативно-служебная работа войск НКВД по охране тыла протекала в условиях относительной стабилизации фронтов и последовавшего затем широкого контрнаступления Красной армии.
Основной задачей для войск в этот период было наведение в тылу строго революционного порядка, борьба с агентурой противника, забрасываемой через линию фронта в наш тыл, борьба с мелкими группами противника, оставшимися в нашем тылу, борьба с дезертирством и очистка прифронтовой полосы от антисоветского и подозрительного элемента.