Тогда Ян Казимир через посредничество императора Фердинанда III обратился к царю Алексею Михайловичу, который в 1656 году заключил с поляками перемирие. В начале 1657 года Хмельницкий заключил договор со шведским королем Карлом X и седмиградским князем Юрием Ракоци. Согласно этому договору, Хмельницкий послал на помощь союзникам против Польши 12 тысяч казаков[43]. Объясняя свое решение, Хмельницкий сообщил в Москву, что в феврале 1657 года к нему приезжал польский посланник, с предложением перейти на сторону короля и сказал, что статьи виленской комиссии никогда не состоятся. «Вследствие таких хитростей и неправд, пустили мы против ляхов часть Войска Запорожского», — писал Хмельницкий. Поляки известили об этом Москву, откуда были посланы к гетману послы. Они застали Хмельницкого уже больным, но добились свидания и набросились на него с упреками. Хмельницкий не послушал послов, но тем не менее отряд, посланный на помощь союзникам, узнав, что поход не санкционирован царём Алексеем Михайловичем, вернулся обратно. Казаки взбунтовались, заявив старшине: «… как де вам было от Ляхов тесно, в те поры вы приклонились к государю; а как де за государевою обороною увидели себе простор и многое владенье и обогатились, так де хотите самовластными панами быть…». В начале 1657 г. Хмельницкий, чувствуя приближение смерти, велел созвать в Чигирине раду для выбора ему преемника. В угоду старому гетману рада избрала его 16-летнего сына Юрия.
Вскоре Хмельницкий умер от кровоизлияния в мозг в Чигирине, похоронен рядом с телом его сына Тимофея в селе Суботове, в построенной им самим каменной Ильинской церкви, существующей до настоящего времени. Ненависть поляков к нему была столь велика, что в1664 году польский воевода Стефан Чарнецкий сжёг Суботов и велел выкопать прах Хмельницкого и его сына Тимоша и выбросить тела на «поругание» из могилы.
Итак, Хмельницкий до конца жизни вёл дипломатические игры с четырьмя своими соседями — с Польшей, Россией, крымским ханством и Турцией, стараясь уверить их государей в своей преданности. Сам Богдан Хмельницкий решился на то, чтобы обратиться к Москве за протекторатом, но не с просьбой о включении Украины в состав Российского царства. И ещё неизвестно, как бы он повёл себя, если бы польский король согласился признать независимость всей Украины. В свою очередь, складывающаяся украинская нация XIX века подчеркивает свою разность с русскими. «Отец украинской историографии» Михаил Грушевский писал в «Истории украинского народа», что «всё заставляет сомневаться, что он (Богдан Хмельницкий) думал о создании какой-либо прочной и тесной связи» с Москвой». Историк противопоставлял «конституционные привычки» украинского населения «самодержавным принципам» Москвы. Грушевский видел в Хмельницком лидера украинского государства, лишь использовавшего Москву в борьбе с поляками как непосредственными угнетателями (так же, как и крымского хана). Но западноукраинскими интеллектуалами Хмельницкий воспринимался именно как человек, в борьбе за Украину потерявший ее свободу. В полном тексте песни «Ще не вмерла Украина» (ныне ее часть — официальный гимн Украины), которую Павел Вербицкий написал в 1862 году, а в 1863-м она была опубликована в львовском журнале «Мета», в одном из куплетов есть обращение к Хмельницкому:
В советское время была сформулирована идея «братских народов». С помпой было отмечено 300-летие Переяславской рады. Помимо передачи Крымской области из РСФСР Украине, в честь гетмана был переименован областной центр Проскуров в Правобережной Украине. Официальный нарратив говорил: «Воссоединение Украины с Россией отвечало коренным интересам обоих народов, способствовало их дальнейшему экономическому, политическому и культурному развитию, росту производительных сил Украины и России, всестороннему взаимообогащению культур».
В постсоветской украинской историографии Хмельницкого стали рассматривать как одного из отцов государственности. Была сформулирована концепция «украинской национальной революции». В 2003 году, как пишет украинский историк Г. Касьянов, была издана брошюра, авторы которой оценивают Переяславскую раду и личность Хмельницкого. В ней говорилось, что гетман был создателем «президентской республики» на Украине XVII века, утверждается, что у созданного Богданом государства был «бездефицитный бюджет» и т. д. Естественно, подобные заявления, с российской точки зрения, выглядят анахронизмами — попытками создать национальную историю, оперируя современными понятиями. Впрочем, попытка изобразить Богдана Хмельницкого, царя Алексея Михайловича и других участников этого процесса людьми ХIX — ХХ века, размышляющими в категориях «национальных идей» (в то время еще абсолютно не существовавших), — это болезнь любой национальной историографии — и российской, и украинской.