Поход турок был неудачен. Юрий помышлял о побеге к христианам, но турки за ним зорко следили. В 1678 году Чигирин был взят турками, и разрушен; русские войска ушли за Днепр. Правобережная Украина была разорена вконец. Юрий Хмельницкий поселился в Немирове и правил под надзором турецкого паши. Постоянные поборы, взыскания, казни в припадках умопомешательства заставили турецкое правительство устранить Юрия от гетманства.
На его место был назначен молдавский господарь Дука, но он вскоре был захвачен в плен поляками, а на его место снова был назначен Юрий.
Постоянные бесцельные казни и угнетения народа заставили турецкого пашу арестовать Юрия. В конце 1685 года он был привезён в Каменец-Подольский, приговорен к смертной казни и задушен, а труп его брошен в воду.
И ещё не раз новые гетманы призывают к «самостийности» и, вступив в союз то с крымским ханом, то с поляками, наносят русским войскам тяжёлые поражения. Победа «самостийности» оборачивается новым подчинением Польше, которая признала привилегии казацкой старшины, чтобы вернуть под панский гнёт рядовых казаков и крестьянство. А крымские татары уже безнаказанно грабили украинские города и сёла, уводя каждый раз тысячи пленников-рабов. (Украинские историки называют это время «руиной».)
Гетманы (в том числе и возведённые впоследствии в герои) и казацкая верхушка постоянно метались к полякам, татарам, туркам… По словам журналиста Сергея Макеева,
Россия шутить не любит
Видя, что без защиты армией России народу грозит гибель, украинские города просят русского царя принять их страну под свою высокую руку и править ею «по всей его государевой воле». А в России как раз в это время складывается новый курс — на расширение государства преимущественно на юг, через славянские и греческие земли к Царьграду («тишайший» царь Алексей Михайлович был одержим идеей стать государем всех православных стран, ради чего пошёл и на церковную реформу, породившую раскол). Так, поэтапно, пролив немало крови своих воинов, Россия присоединила к себе всю тогдашнюю Украину (то есть земли по обе стороны Днепра).
Украинские историки любят напоминать о жестокости русских воинов. Так, Меншиков, взяв столицу гетмана Мазепы Батурин, расправился с её защитниками, казнив несколько тысяч украинцев. Война редко ведётся по законам благородства (если вообще когда-нибудь так ведётся), и жестокими оказываются едва ли не все стороны конфликтов, и вряд ли можно кого-то оправдывать. Но данную ситуацию следует пояснить. В Батурине были сосредоточены запасы продовольствия и подкрепления для войск Мазепы, и потому к этому городу спешили Карл XII и Мазепа. Промедление с взятием города было для русских смерти подобно. На предложение Меншикова сдаться гарнизон крепости ответил отказом, пришлось брать её штурмом. Держать пленных было негде, охранять их было некому. Пленные же были не простые, среди них были и сердюки — воины из личной охраны Мазепы. Как поётся в известной песне, «печальная история…» Но ненависть безродной верхушки казачества к москалям, возникшая много раньше этого эпизода, отмечается многими историками.