Наряду с аграрной реформой Столыпин предложил ряд крупных законопроектов, направленных на преобразование местного самоуправления, на введение всеобщего начального образования, на развитие веротерпимости, на укрепление финансов за счет сбора прямых и косвенных налогов. Петр Аркадьевич вынашивал планы создания целого ряда новых министерств.
В последние месяцы жизни Столыпин активно добивался принятия закона о введении земств в западных губерниях страны. Когда Государственный совет окончательно отклонил этот законопроект, Столыпин 5 марта 1911 года подал в отставку. Николай II отставку не принял, пойдя навстречу требованиям председателя Совета Министров прервать на несколько дней работу парламента, чтобы издать вне его процедур указанный закон. Однако политическая и моральная цена, заплаченная Петром Аркадьевичем за эту победу, оказалась слишком высокой: его позиции сильно пошатнулись.
Все знали, что Госдума и Государственный совет были против принятия этого закона. Все российское общество пришло в движение, когда в работе обеих палат парламента по соизволению царя объявили перерыв на три дня, с 12 по 14 марта 1911 года, и в этот промежуток (14 марта) был издан закон, на котором настаивал Столыпин.
Оценку происшедшего емко выразила фраза «так играть законом нельзя», запестревшая с газетных полос. Другую оценку ультимативных действий Столыпина высказал с думской трибуны известный кадетский лидер В. А. Маклаков, заявивший: «Председатель Совета Министров еще может удержаться у власти, но это агония».
Витте писал, что Петр Аркадьевич в конце концов торжествовал победу, но «для мало-мальски дальновидного человека было ясно, что это торжество накануне его политической гибели. Когда это случилось, вся Россия была этим возмущена, были возмущены как Государственная дума, так и Государственный совет».
Описанные события усугубили и без того ухудшившиеся отношения Петра Аркадьевича с Николаем И. Ультимативный стиль поведения, продемонстрированный Столыпиным, видимо, усилил подозрения царя в том, что глава правительства стремился к узурпации власти. Среди историков распространено мнение, что Николай II боялся «оказаться в тени» напористого премьер-министра.
Не способствовали улучшению этих отношений и смелые предупреждения Столыпина царю о пагубности и недопустимости возвышения Григория Распутина в его окружении. Петр Аркадьевич позволял себе многое говорить в глаза царю. Чего стоила даже одна оброненная Столыпиным в сердцах фраза: «Да рассердитесь же хоть раз, ваше величество!».
Словом, отношения между Николаем II и Столыпиным оказались более чем натянутыми. Витте утверждал, что во время одного из докладов главы правительства царь сказал ему: «А для вас, Петр Аркадьевич, я готовлю другое назначение». Столица была наполнена слухами, что Столыпин может получить пост посла либо наместника на Кавказе или в Западном крае.
В конце августа — начале сентября 1911 года в Киеве проходили грандиозные торжества по случаю открытия там памятника Александру II. Присутствуя на них, Столыпин остро ощутил зыбкость своего положения и высокую вероятность близкой отставки. В последний день августа Петр Аркадьевич, разоткровенничавшись с товарищем (заместителем) министра внутренних дел П. Г. Курловым, признался ему: «Положение мое шаткое, и я после отпуска, который я испросил для себя до 1 октября, едва ли вернусь в Петербург председателем Совета Министров…»
Однако обстоятельства ускорили реализацию прогноза Петра Аркадьевича. На следующий день, 1 сентября, он присутствовал в киевском городском театре на парадном спектакле по опере М. И. Глинки «Жизнь за царя». Представление началось в 9 часов вечера. Столыпин сидел в первом ряду вблизи от императорской ложи. В 1130
, после окончания второго акта, он поднялся с места и стал спиной к сцене. Во время антракта к нему стали подходить сидевшие поблизости сановники, которые завели с ним разговор. В этот момент к ним быстрым шагом приблизился человек во фраке и почти в упор дважды выстрелил в Петра Аркадьевича. Раненый Столыпин, успев осенить крестным знамением себя и царскую ложу, в которой стоял Николай II, сполз в кресло.Газеты сообщили, что стрелявшим оказался двадцатичетырехлетний Дмитрий Богров, «сын богатого еврейского домовладельца», связанный с киевским охранным отделением и выдававший себя за анархиста. Орудием покушения был назван браунинг. Сообщалось также, что одна из пуль повредила крест на мундире главы правительства.
Столыпин скончался 5 сентября 1911 года и был погребен в Киево-Печерской лавре. Николай II на похоронах не присутствовал.