На допросах Алексей назвал имена более чем пятидесяти своих подлинных и мнимых сообщников, и розыск проходил повсюду, где находились названные царевичем люди. Особо строго искали в Москве, Петербурге и Суздале, где жила Евдокия Фёдоровна.
В Суздаль был направлен капитан-поручик Преображенского полка Григорий Скорняков-Писарев с командой солдат. 10 февраля 1718 года в полдень он прибыл в Покровский монастырь, оставив солдат неподалёку от обители. Скорняков сумел незамеченным пройти в келью к Евдокии и застал её врасплох, отчего она смертельно испугалась. Евдокия была не в монашеском одеянии, а в телогрее и повойнике, что потом ставилось ей в вину, ибо было сугубым нарушением монашеского устава.
Оттолкнув бледную и потерявшую дар речи Евдокию, Скорняков коршуном бросился к сундукам и, разворошив лежащие там вещи, нашёл два письма, свидетельствующие о переписке Евдокии с сыном. После этого в Благовещенской церкви найдена была записка, по которой Лопухину поминали «Благочестивейшей великой государыней нашей, царицей и великой княгиней Евдокией Фёдоровной» и желали ей и царевичу Алексею «благоденственное пребывание и мирное житие, здравие же и спасение и во всё благое поспешение ныне и впредь будущие многие и несчётные лета, во благополучном пребывании многая лета здравствовать».
14 февраля, арестовав Евдокию и многих её товарок, а также нескольких замешанных в её деле священников и монахов, Скорняков повёз их всех в Преображенский приказ в Москву. 16 февраля начали строгий розыск, прежде всего обвиняя Евдокию в том, что она сняла монашеское платье и жила в монастыре не по уставу — мирянкой. Отпираться было нельзя, ведь Скорняков и сам застал Евдокию в мирском платье. А дальше дела пошли ещё хуже: привезённая вместе с другими монахинями старица-казначея Маремьяна рассказала о том, что к Евдокии много раз приезжал Степан Глебов и бывал у неё в келье и не только днём, но и оставался на всю ночь до утра.
Показания Маремьяны подтвердила и ближайшая подруга Евдокии монахиня Каптелина, добавив, что «к ней, царице-старице Елене, езживал по вечерам Степан Глебов и с нею целовалися и обнималися. Я тогда выхаживала вон; письма любовные от Глебова она принимала и к нему два или три письма писать мне велела».
После этого Глебова арестовали, и проводивший арест и обыск гвардии капитан Лев Измайлов нашёл у него конверт, на котором было написано: «Письма царицы Евдокии», а внутри оказалось девять этих писем.
Во многих из них Евдокия просила Глебова уйти с военной службы и добиться места воеводы в Суздале; во многих, проявляя ум и практическую смётку, советовала, как добиться успеха в том или ином деле, но общий тон писем таков, что позволяет судить об огромной любви и полном единомыслии Евдокии и Степана.
«...Где твой разум, тут и мой; где твоё слово, тут и моё; где твоё слово, тут и моя голова: вся всегда в воле твоей!» Приведём здесь письма в том порядке, в каком расположены они в книге академика Николая Герасимовича Устрялова «История царствования Петра Великого».
«Чему-то петь быть, горесть моя, ныне? Кабы я была в радости, так бы меня и дале сыскали; а то ныне горесть моя! Забыл скоро меня! Не умилостивили тебя здесь ничем. Мало, знать, лице твоё, и руки твоя, и все члены твои, и суставы рук и ног твоих, мало слезами моими мы не умели угодное сотворить...»
«Не забудь мою любовь к тебе, а я уже только с печали дух во мне есть. Рада бы была я смерти, да негде её взять. Пожалуйте, помолитеся, чтобы Бог мой век утратил. Ей! Рада тому!»
«Свет мой, батюшка мой, душа моя, радость моя! Знать уж злопроклятый час приходит, что мне с тобою расставаться! Лучше бы мне душа моя с телом рассталась! Ох, свет мой! Как мне на свете быть без тебя, как живой быть? Уже моё проклятое сердце да много послышало нечто тошно, давно мне всё плакало. Аж мне с тобою, знать, будет расставаться. Ей, ей, сокрушуся! И так, Бог весть, каков ты мне мил. Уж мне нет тебя милее, ей Богу! Ох, любезный друг мой! За что ты мне таков мил? Уже мне ни жизнь моя на свете! За что ты на меня, душа моя, был гневен? Что ты ко мне не писал? Носи, сердце моё, мой перстень, меня любя; а я такой же себе сделала; то-то у тебя я его брала.