Связав свою судьбу с Милославскими, Шакловитый верой и правдой стал служить им и в 1682 году был уже дьяком в Боярской думе. Именно он 17 сентября зачитал в заседании Думы доклад, а потом и приговор по делу Хованского, за что после казни Хованских царевна Софья назначила Шакловитого начальником Стрелецкого приказа. А после того как Голицын ушёл в новый поход, Софья и вовсе переменила фаворита, хотя сделать это было не так просто, ибо князь Василий был и люб и мил ей, но он оставался привязан и к своей жене — княгине Авдотье, и к своим четырём детям, и всё никак не решался оставить их и полностью отдаться царевне. Шакловитый оказался незаменимым для Софьи человеком ещё задолго до того, как стал фаворитом. Уже после подавления «хованщины» новый начальник Стрелецкого приказа, действуя разумно и энергично, перевёл наиболее активных бунтарей в отдалённые от Москвы города, а остальных смирил суровыми мерами.
Сосредоточение фактической власти в руках Софьи, командовавшей через своих фаворитов армией и стрельцами, руководившей Боярской думой и иностранными делами, ибо они и там были «персонами первого градуса», привело правительницу к мысли о том, что ей совсем незачем и формально делить власть со своими младшими братьями.
Наиболее подходящим сообщником для осуществления этого намерения она сочла Шакловитого, отличавшегося честолюбием, авантюризмом, умом и смелостью. Важно было и то, что Шакловитый имел большой авторитет у московских стрельцов, а ещё важнее, что его преданность Софье не вызывала у неё ни малейшего сомнения. Именно учитывая всё это, Софья сделала Фёдора Леонтьевича своим фаворитом, и когда открылась ему в своих дерзновенных планах, то встретила его полную поддержку в том, чтобы единолично венчаться на царство и более ни с кем не делить трон.
Голицын в это время находился во втором Крымском походе, и Шакловитый стал первым сановником в государстве помимо всех родовитых и знатных бояр, ненавидевших его, как худородного выскочку, как сердечного друга царевны Софьи, по их мнению, околдовавшего царевну бесовскими чарами.
Он оставался в фаворе и после того, как в Москву в июле 1689 года возвратился из очередного неудачного похода теперь уже отвергнутый Софьей Голицын. Хотя Софья и встретила его как победителя и осыпала наградами и подарками, былого сердечного расположения к «свету Васеньке» царевна не вернула — в её сердце прочно укрепился худородный ярыжка Федька Шакловитый.
Желая сделать всё возможное для окончательной победы над мятущейся одинокой женщиной, Шакловитый зимой 1689 года заказал талантливому богослову и проповеднику Иосифу Богдановскому книгу «Дары Духа Святого», в которой всесторонне обосновывалась идея, что царям Ивану и Петру дарована от Бога держава и сила, а Софье — Премудрость, и именно Премудрость и есть высший дар Бога. Богдановский писал, что мудрость Софьи проявилась в тишении бунта, разум — в отправлении войск в Крым, совет — в её успехах на Западе, крепость — в укреплении православия и благочестие — в украшении храмов Господних.
Орлёнок расправляет крылья
Однако ни Софья, ни Шакловитый не предполагали, что начало 1689 года было временем апофеоза Софьи, за которым почти мгновенно наступил её полный и окончательный крах. И причиной тому было то, что она недооценила своего младшего брата Петра, сначала выпустив его из своего поля зрения, а потом и из-под контроля своей власти.
Мы оставили Петра в страшные дни весны 1682 года на Соборной площади Кремля, когда с ним случился первый припадок эпилепсии. И всё же в десять лет Пётр был рослым, крепким мальчиком, подвижным и любознательным. Одним из его первых учителей был подъячий Посольского приказа Никита Моисеевич Зотов, выучивший Петра грамоте и началам российской истории.
В одиннадцать лет Пётр показался секретарю шведского посольства шестнадцатилетним. «Лицо у него открытое, красивое, молодая кровь играла в нём... Удивительная красота его поражала всех предстоявших, а живость его приводила в замешательство степенных сановников московских».
Как раз в это самое время начал Пётр свои знаменитые «марсовы потехи». 30 мая 1683 года, когда исполнилось ему одиннадцать лет, в подмосковном селе Воробьёво артиллерийский капитан Симон Зоммер впервые учинил перед Петром «потешную огнестрельную стрельбу» из настоящих орудий. Зоммер был одним из первых иностранцев, с которыми судьба свела юного царя, и почти тотчас же Пётр обратил внимание и на других иноземцев, живших, как и Зоммер, на берегах ручья Кукуй в Немецкой слободе.
Военные игры привели к тому, что Пётр объявил о создании потешного полка, и на его зов 30 ноября 1683 года первым явился сорокалетний придворный конюх Сергей Леонтьевич Бухвостов, вошедший в историю как первый солдат российской регулярной армии. Он прослужил до семидесяти лет, выйдя в отставку майором артиллерии. Пётр так любил Бухвостова, что приказал скульптору Бартоломео Растрелли-старшему сделать ещё при жизни Сергея Леонтьевича его статую.