И тогда Наталья Кирилловна надумала женить сына на молодой красавице и стала присматривать будущую невестку среди лучших столичных невест. После раздумий, впрочем непродолжительных, ибо время не ждало, она решила остановить свой выбор на двадцатилетней московской дворянке Евдокии Лопухиной, девушке красивой, доброй и нежной, и вроде бы из хорошей семьи, давно связавшей судьбы своих сородичей с военной и гражданской государственной службой.
Произошло это не враз и не без политического расчёта.
Уже упоминавшийся нами князь Куракин в «Гистории о царе Петре Алексеевиче» утверждал, что противная князю Голицыну партия Нарышкиных и Тихон Стрешнев не допустили женитьбы царя Петра на родственнице Голицына или его сторонников и добились того, что 27 января 1689 года шестнадцатилетний Пётр женился на Евдокии Фёдоровне Лопухиной. Свадьба была очень скромной. Новая царица происходила из среднего дворянства. Но её многочисленные родственники, оказавшись при царском дворе, тут же обнаружили самые дурные качества. Куракин писал, что были Лопухины «люди злые, скупые, ябедники, умов самых низких и не знающие нимало в обхождении дворовом... И того к часу все их возненавидели и стали рассуждать, что ежели придут в милость, то всех погубят и все государством завладеют. И, коротко сказать, от всех были возненавидимы, и все им зла искали или опасность от них имели».
Что же касается самой Евдокии Фёдоровны, то Куракин отмечал: «И была принцесса лицом изрядная, токмо ума посреднего и нравом не сходная к своему супругу, отчего всё счастие своё потеряла и весь свой род сгубила... Правда, сначала любовь между ими, царём Петром и супругою его, была изрядная, но продолжалася разве токмо год. Но потом пресеклась; к тому же царица Наталья Кирилловна невестку свою возненавидела и желала больше видеть с мужем её в несогласии, нежели в любви. И так дошло до конца такого, что от сего супружества последовали в государстве Российском великие дела, которые были уже явны на весь свет...»
Об этом речь пойдёт ниже, а пока Пётр проводит медовый месяц с молодой женой и ещё не тяготится ею. Однако же, ещё не успел сойти лёд на Переяславском озере, он тотчас же сменил супружеское ложе на походную карету и помчался к любимому озеру, где всю минувшую зиму его мастера-иноземцы достраивали и отделывали его, государевы, корабли.
Однако не следует думать, что только этими полудетскими забавами жил молодой царь. Наезжая в Москву, Пётр всё чаще стал интересоваться государственными делами, что насторожило и испугало Софью и её сторонников. В Кремле видели, что орлёнок расправляет крылья, но видели также и то, что противная ему сторона — прежде всего сама Софья и Шакловитый, а также и Василий Васильевич Голицын — не намерены уступать власть молодому претенденту. Это стало очевидным, когда 8 июля 1689 года Пётр сделал первый серьёзный шаг на пути противостояния своей старшей сестре. Он послал к ней требование не ходить в этот день крестным ходом в Казанский собор, хотя ранее Софья всегда участвовала в таких церемониях.
Она не послушала брата и вышла из Кремля на Красную площадь, рядом с которой стоял Казанский собор. Её не смутило и то, что в этом шествии не было Петра, хотя она и понимала, что, идя за крестами вопреки воле брата, она принимает сделанный ей вызов и не боится его.
А когда она вернулась в Кремль, ей сказали, что Пётр уехал из Москвы. Софья поняла, что брат, в свою очередь, правильно оценил её поступок и принял вызов.
Во второй раз распря между ними возникла, когда Василий Голицын вернулся из второго Крымского похода. Софья осыпала «братца Васеньку» наградами, а Пётр, под влиянием окружавших его офицеров, считал второй поход столь же бесславно проигранным, как и первый, и ни на какие награды Голицыну и его сотоварищам не соглашался.
Голицын же, получив награды, явился к Петру, желая поблагодарить за них и его, но Пётр приказал не пускать князя к себе на глаза. Этот поступок брата окончательно убедил Софью, что её правление подходит к концу. Она решилась на крайние меры, действуя старым, испытанным способом: в её хоромах появилось подмётное письмо, что в ночь с 7 на 8 августа в Кремль войдут «потешные» и убьют Ивана Алексеевича и всех его сестёр.
Вечером 7 августа Шакловитый ввёл в Кремль четыре сотни стрельцов, а ещё три сотни поставил близ Кремля — на Лубянке. Этих стрельцов сторонники Шакловитого стали подбивать на то, чтоб они убили Наталью Кирилловну Нарышкину и её сына — Петра.
Об этом узнал начальник пяти сотен Стремянного стрелецкого полка Ларион Елизарьев и ещё семь подчинённых ему стрельцов и сотников. Они решили предупредить о том Петра и направили к нему в Преображенское двоих из них — Ладогина и Мельнова.
Пётр, узнав о том среди ночи, кинулся в конюшню и, как был — в исподнем, ускакал в ближайший лес. Туда примчался к нему с кафтаном и сапогами стольник его Гаврила Головкин, и они вместе помчались в Троицу, доскакав до монастыря за пять часов.