С одной стороны, решение Совета министров отражало противоречия, накопившиеся со времени встречи имперского государства с армянской церковью. С другой стороны, оно стало результатом существовавших на тот момент конкретных разногласий между Столыпиным, Извольским и Воронцовым-Дашковым относительно распределения власти в государственном аппарате. Петербургская бюрократия была недовольна восстановлением в 1905 году наместничества, которое вывело из ее распоряжения закавказские дела. Верный принципам «объединенного правительства» и критически относившийся к проармянской позиции наместника, Столыпин в целом разделял это недовольство[661]
. С Извольским же он разошелся во взглядах на выработку внешнеполитического курса. В своем качестве председателя Совета министров Столыпин решительно пытался включить внешнюю политику в свое «объединенное правительство», чтобы не допустить возникновения внешнеполитических осложнений, пока не завершилась программа внутренней перестройки. Извольский, в свою очередь, стремился решить в пользу России больной вопрос о черноморских проливах и создать для Петербурга возможность решительных действий на Ближнем Востоке. Когда в январе 1908 года размах планов Извольского стал очевиден, Столыпин принялся энергично отстаивать внешнеполитические прерогативы Совета министров. Однако боснийский кризис 1908 года показал, что Извольский не принял точку зрения Столыпина и хватался за любой инструмент, позволявший ему влиять на османское правительство. Таким образом, стечение внутриполитических обстоятельств, с одной стороны, и решимость Извольского вести активную политику на Ближнем Востоке, несмотря на внушения Столыпина, с другой, явились существенными факторами в стремлении МИД активно поддерживать католикоса. Сходным образом Столыпин, выступая против наличия в империи «должностного лица, облеченного экстратерриториальной властью, не подчиняющегося велениям закона и открыто не исполняющего законных распоряжений Правительства», имел в виду прежде всего связь между внутренней и внешней политикой[662].Не добившись желаемого результата в Совете министров, Столыпин все же попытался внести некоторые изменения в систему отношений самодержавия с верховным иерархом при утверждении следующего католикоса. В конце 1908 года без особых пререканий константинопольский патриарх Матевос (Измирлян), поддержанный подавляющим большинством на собрании в Эчмиадзине, был избран католикосом. Ввиду еще не ясного значения младотурецкой революции для османских армян Петербург счел нужным утвердить этот выбор[663]
. Но в докладе императору Столыпин выступил против наград и выдающихся почестей, обычно сопровождавших утверждение католикоса в сане. Вместо этого он предложил ограничиться высочайшей грамотой с большой государственной печатью, как предписывал закон, а остальные награды поставитъ в зависимость от отношения нового католикоса «к интересам государства и правительственной власти». Столыпин также настаивал на том, чтобы Матевос приехал сразу в Петербург (а не в Тифлис, как это делалось обычно) для личного свидания с императором, на котором ему бы разъяснили обязательность соблюдения имперских законов, а не только церковного канона. Появились даже слухи о том, что МВД готовит законопроект об увеличении квоты для российских армян на будущих выборах[664].