Экклезиологические разногласия между Римом и Константинополем были обусловлены тем, что в течение всей эпохи Вселенских Соборов на Западе постепенно формировалось учение о Римском епископе как о главе Вселенской Церкви, преемнике апостола Петра, получившем от него ключи Царства Небесного. Параллельно на Востоке усиливался примат Константинопольского епископа, с конца VI века усвоившего себе титул «Вселенского патриарха». Однако на Востоке Константинопольский патриарх никогда не воспринимался как глава Вселенской Церкви: он был лишь вторым по рангу после Римского епископа и первым по чести среди восточных патриархов. На Западе же папа стал восприниматься именно как глава Вселенской Церкви, которому должна подчиняться Церковь по всему миру. Речь шла о принципиально разных экклезиологических моделях, о чем будет подробнее сказано в разделе, посвященном канонической структуре Православной Церкви.
Учение о папском примате неоднократно озвучивалось легатами папы на Востоке и не встречало сколько–нибудь серьезного отпора со стороны восточных богословов вплоть до патриарха Фотия. Когда, например, на IV Вселенском Соборе было зачитано послание папы Римского Льва, восточные епископы единодушно воскликнули: «Петр говорит устами Льва!» Более того, во многих случаях восточные епископы и богословы, не нашедшие поддержку в Константинополе, обращались за защитой к папе как верховному арбитру. Так, например, несправедливо низложенный Иоанн Златоуст искал защиты у папы Иннокентия I, Кирилл Александрийский в споре с Несторием апеллировал к папе Целестину I, Максим Исповедник в борьбе против монофелитов обращался за помощью к папе Мартину I, а преподобный Феодор Студит в споре с иконоборцами — к папе Льву III. Называя папу Римского «божественнейшей главой всех глав», преподобный Феодор Студит писал: