Главным пунктом богословского спора между Церквами Востока и Запада было латинское учение об исхождении Святого Духа от Отца и Сына. Это учение, основанное на тринитарных воззрениях блаженного Августина и других латинских отцов, привело к внесению изменения в слова Никео–Цареградского Символа веры: вместо «от Отца исходящего» на Западе стали говорить «от Отца и Сына (лат. Filioque) исходящего». Выражение от Отца исходит основано на словах Самого Христа (см.: Ин 15
:26) и в этом смысле обладает непререкаемым авторитетом, тогда как добавка «и Сына» не имеет оснований ни в Писании, ни в Предании раннехристианской Церкви: ее стали вставлять в Символ веры лишь на Толедских Соборах VI–VII веков, предположительно в качестве защитной меры против арианства. Из Испании Филиокве пришло во Францию и Германию, где было утверждено на Франкфуртском Соборе 794 года. Придворные богословы Карла Великого даже стали упрекать византийцев в том, что они произносили Символ веры без Филиокве. Рим в течение некоторого времени противостоял внесению изменений в Символ веры. В 808 году папа Лев III писал Карлу Великому о том, что хотя Филиокве приемлемо с богословской точки зрения, внесение его в Символ веры нежелательно. Лев поместил в соборе Святого Петра таблички с Символом веры без Филиокве. Однако к началу XI века чтение Символа веры с добавлением «и Сына» вошло и в римскую практику.На Востоке первым обратил внимание на Филиокве преподобный Максим Исповедник, который в «Письме к Марину» доказывал, что когда латиняне говорят об исхождении Святого Духа от Отца и Сына, они имеют в виду то же, что греки, говоря об исхождении от Отца через Сына.
Если позиция Максима имела примирительный характер, то позиция патриарха Фотия была более жесткой; о латинянах он говорил следующее:
Что же касается различий обрядового характера между Востоком и Западом, то такие различия существовали на протяжении всей истории христианства. Богослужебный устав Римской Церкви отличался от уставов Восточных Церквей. Целый ряд обрядовых мелочей, в частности тех, что упомянуты в «Окружном послании» патриарха Фотия, разделял Церкви Востока и Запада, однако только после Фотия на них стали обращать серьезное внимание. В середине XI века главным вопросом обрядового характера, по которому разгорелась полемика между Востоком и Западом, было употребление латинянами пресного хлеба на Евхаристии, в то время как византийцы употребляли квасной хлеб. За этим, казалось бы, незначительным отличием, византийцы видели серьезную разницу в богословском воззрении на сущность Тела Христова, преподаваемого верным в Евхаристии: если квасной хлеб символизирует то, что плоть Христова единосущна нашей плоти, то опреснок является символом отличия плоти Христовой от нашей плоти. В служении на опресноках греки усматривали покушение на сердцевинный пункт восточнохристианского богословия — учение об обожении (которое на Западе было мало известно).