В дело укрепления церковной жизни вносили вклад некоторые выдающиеся правители, такие, например, как святой благоверный князь Андрей Боголюбский, вошедший в историю Церкви как храмоздатель и ревнитель благочестия. В годы его правления Владимир–на–Клязьме превратился в один из главных политических и религиозных центров Руси. Андрей даже хотел учредить там отдельную митрополичью кафедру, но получил отказ от Константинополя. При нем были построены Успенский собор во Владимире и церковь Покрова–на–Нерли, с его именем связывают установление на Руси празднования Покрова Пресвятой Богородицы.
Значение Владимира выросло после того, как в 1237—1240 годах по Руси пронеслись, опустошая все на своем пути, войска ордынского хана Батыя (1208—1255), внука Чингисхана. В ходе этого нашествия, положившего начало более чем двухсотлетнему периоду монголо–татарского ига, были захвачены и разорены многие крупные города Руси, в том числе Рязань, Москва, Владимир–на–Клязьме, Козельск, Переяславль, Чернигов, Киев, Каменец, Владимир–на–Волыни, Галич и Лодыжин. Монголы грабили и разрушали церкви, убивали и уводили в плен священнослужителей и монахов. Митрополит Киевский (с 1236 года) Иосиф пропал без вести, несколько епископов погибло. Вся завоеванная монголами Русь была обложена данью, и в течение последующих двух с лишним столетий русские князья и митрополиты перед вступлением в должность должны были ездить в Орду и получать ярлык (разрешение) от хана: без такого ярлыка ни князь, ни митрополит не могли считаться легитимными.
Разграбление Киева татаро–монгольскими ордами 6 декабря 1240 года сделало невозможным и нецелесообразным для следующих Киевских митрополитов пребывание в городе. Святитель Кирилл II, формально оставаясь митрополитом Киевским, по большей части пребывал на северо–востоке Руси, а его преемник, святитель Максим в 1299 году переселился во Владимир–на–Клязьме, объединив Владимир с Киевом в одну митрополичью область.
Значение Владимира продолжало расти при святом благоверном князе Новгородском, Киевском и Владимирском Александре Невском (1220—1263), который вошел в историю Руси как один из выдающихся правителей, чья политическая дальновидность определила судьбу Руси на десятилетия вперед. Святой Александр сознавал бесперспективность борьбы с монголами и сосредоточил свои усилия на защите северо–западных рубежей Руси. Время его княжения совпало с активизацией католических рыцарских орденов, действовавших по прямому указанию папы. 9 декабря 1237 папа Григорий IX повелел Упсальскому архиепископу организовать крестовый поход против русских и финнов. Исполняя папский указ, в 1240 году шведский король отправил в русские земли многочисленное войско, однако оно было разбито дружиной святого князя Александра. В 1242 году благоверный князь одержал историческую победу над рыцарями Ливонского ордена на льду Чудского озера.
Потеряв надежду завоевать Русь при помощи рыцарских орденов, папы прибегли к увещаниям и угрозам. 15 ноября 1248 года папа Иннокентий IV направил Александру Невскому послание, в котором писал, что признание латинской иерархии позволит князю «весьма легко и весьма быстро достичь врат райских», поскольку «ключи от этих врат Господь вверил блаженному Петру и его преемникам, Римским папам, дабы они не впускали не признающих Римскую Церковь как Матерь нашей веры и не почитающих папу — наместника Христа». Около 1250 года папа прислал к Александру двух кардиналов с предложением принять католичество. Святой Александр ответил папе: «От Адама и… до Перваго Вселенскаго Собора святых отец, а от Перваго и до Седьмаго Собора — вся сия добре сведаем… якоже проповедашеся от святых апостол Христово Евангелие во всем мире, по сих же и предания святых отец Седми Собор Вселенских. И сия вся известно храним, а от вас учения не приемлем и словес ваших не слушаем».
Ради достижения мира с татаро–монголами святому князю пришлось совершить четыре поездки в Золотую Орду. Возвращаясь из четвертой поездки, он заболел и, приняв перед смертью монашеский постриг с именем Алексий, скончался. Когда весть о его смерти достигла Владимира, митрополит Киевский Кирилл, находившийся во Владимире, вышел к народу со словами: «Чада мои милые! Закатилось солнце земли Русской». Эти слова отражали ту любовь, которой великий князь был окружен при жизни. Церковное почитание Александра Невского началось вскоре после его кончины, и в середине XVI века он был официально причислен к лику святых.
Православие в Московской Руси