Если XVIII век был, по выражению протоиерея Георгия Флоровского, временем «вавилонского пленения» Русской Церкви, то XIX век стал временем постепенного преодоления западных влияний в духовном образовании и отхода от тех крайностей в области государственной политики по отношению к Церкви, которые были допущены в ходе петровских реформ. Синодальная система продолжала функционировать, в Синоде продолжал присутствовать обер–прокурор, постановления Синода продолжали выходить под грифом «По указу Его Императорского Величества». Однако Синод XIX века — это уже не та безвластная и безликая «духовная коллегия», которая была задумана Петром Ï это орган, наделенный реальными полномочиями и способный к достаточно эффективным действиям. Среди членов Синода было немало блестящих и выдающихся иерархов, оказавших влияние на судьбу Русской Православной Церкви в целом. Впрочем, оказать влияние на церковную жизнь можно было и не участвуя в заседаниях Синода.
Это подтверждает судьба одного из самых выдающихся иерархов за всю историю мирового Православия — святителя Филарета, митрополита Московского (1782—1867). Его церковная карьера является типичной для России XIX века. Будучи сыном диакона, он окончил Духовное училище, семинарию и академию, а в 1808 году, после принятия монашества, был назначен преподавателем философии в Санкт–Петербургскую духовную академию. В 1811 году Филарет возведен в сан архимандрита и в 1812 году назначен ректором академии. В 1817 году хиротонисан во епископа Ревельского, в 1819 году переведен на Тверскую кафедру, затем в Ярославль, а в 1821 году — в Москву. В 1826 году архиепископ Филарет возведен в сан митрополита Московского и назначен членом Святейшего Синода. В 1842 году он перестал ездить в Санкт–Петербург на заседания Синода, однако вплоть до кончины продолжал участвовать во всех серьезных церковных делах, будучи самым авторитетным иерархом своего времени. Московской митрополией Филарет управлял на протяжении 46 лет, и этот период стал «эпохой Филарета» не только для Московской кафедры, но и для всей Русской Церкви. В отсутствие патриарха Филарет сумел авторитетом своей личности в значительной степени восполнить тот канонический вакуум, который образовался после упразднения патриаршества. Не случайно после кончины Филарета обер–прокурор Синода А. Н. Муравьев писал: «Мы лишились великого светильника и поборника Православия, который, не будучи патриархом по сану, был для нас как истинный патриарх, ибо он решал все трудные вопросы церковные по данной ему свыше премудрости, и долго будет Церковь Русская чувствовать сие мнение».
Отношение Филарета к государственной власти было почтительным и благоговейным: в царе он видел помазанника Божия, который «всю законность свою получает от церковного помазания». Из этого напрямую вытекает обязанность царя защищать интересы Церкви: «В нашем отечестве… благочестивейшие цари суть верховные защитники правоверия и всякого Церкви Святой благочиния». За близость к трону и безоговорочную поддержку мероприятий царской власти Филарета жестко критиковали либералы и революционеры. В романе «Былое и думы» А. И. Герцен рассказывает о молебне, совершенном Филаретом после декабрьского восстания 1825 года:
Разумеется, Филарет благодарил Бога не за убийства, а за чудесное избавление от смерти императора Николая I, которого декабристы намеревались убить. Будучи Московским митрополитом, Филарет на протяжении почти полувека совершал благодарственные молебны по случаю тезоименитств и юбилеев царя и членов его семьи, участвовал во всех парадных мероприятиях царской власти. При императоре Николае I Филарет нередко призывался для участия в обсуждении дел, имевших государственную важность. Филарету же принадлежит честь написания текста манифеста 19 февраля 1861 года об освобождении крестьян: издание этого манифеста стало главным историческим событием царствования Александра II Освободителя.