С судьбой духовных школ неразрывно связана судьба ученого монашества как особого класса внутри Русской Церкви. Концепция «чиновного ученого монашества» была закреплена высочайшим авторитетом еще в 1724 году, когда Петр I разделил монашеское сословие на два класса: тех, кто становится монахами «для удовольствования немощной совести», и тех, кто принимает монашество «для архиерейства и прочих учителей церковных». Неученым монахам предписывается работать при монастырских богадельнях, лазаретах и больницах, присматривать за отставными солдатами, стариками и нищими; «келей особливых не иметь, но чуланы в тех же больницах», жалованье не получать и из монастыря никуда не выезжать. Что же касается монахов ученых, то «сии не для монашества, но ради учения людем и тайн церковных определяются; монашество же им по нужде править только, а к сему служению не нужное, и если возможно, то облегчить их в обещании… ибо тем, которых производит в учителей из монахов, невозможно монашеского правила всего исполнять, но довольно настоящего им дела учиться, а ученым исполнять народу учение». Для формирования класса ученых монахов Петр предписывал создавать Духовные семинарии, в которых будущие архиереи и учителя должны получать соответствующее воспитание; по окончании ими духовной школы их нужно постригать («сие кажется противно правде, да буде иного способу не сыщется, лучше из двух зол легчайшее выбирать», как написано собственноручно Петром) и отсылать в «Невский монастырь», т. е. Александро–Невскую лавру, которая мыслится как кузница архиерейских кадров.
Сформулированная Петром I идея ученого монашества на два последующие столетия стала определяющей в жизни Русской Церкви. В отличие от монастырского монашества ученое монашество в XVIII веке не только не подвергалось гонениям, но, наоборот, выделилось в привилегированный класс, в руках которого сосредоточилось церковное управление. Как правило, выпускников Духовных академий, изъявивших желание принять монашество, сразу же постригали, рукополагали в священный сан и назначали на преподавательскую должность в семинарию или академию. Наиболее одаренные становились затем инспекторами и ректорами академий, получая, кроме того, в управление монастыри; настоятелями монастырей они числились, как правило, номинально, заезжая туда на день–два или и вовсе их не видя. Последним звеном в карьерной цепи была епископская хиротония. Уже во второй половине XVIII века епископы не из числа ученых монахов стали большой редкостью. Такое положение сохранялось на протяжении всего XIX века.
В течение всей первой половины XVIII века ученые монахи, получавшие архиерейские кафедры, были в большинстве своем малороссами и представителями киевской учености. Лишь при Екатерине II положение начало меняться, и на ректорские должности и архиерейские кафедры дозволено было возводить великороссов. В 1758 году ректором Московской духовной семинарии стал Гавриил (Петров), впоследствии митрополит Санкт–Петербургский. Вскоре к преподаванию в той же семинарии был привлечен и Платон (Левшин), впоследствии митрополит Московский. Префектом Новгородской семинарии в 1758 году стал Тихон (Соколов), впоследствии святитель Воронежский и Задонский. Под конец царствования Екатерины II успела сформироваться партия ученых монахов–великороссов, которая существенно потеснила безраздельно правившую до тех пор малороссийскую партию. С умножением числа архиереев–великороссов начало ослабевать латинское влияние в среде ученого иночества и в богословских школах. В XIX веке, несмотря на сохраняющееся сильное влияние латинской схоластики, все больше диссертаций пишется на русском языке, все большее внимание уделяется святоотеческому богословию.
Петровские реформы изменили положение приходского духовенства, которое в XVIII веке окончательно выделилось в отдельное общественное сословие. Дети священнослужителей, вне зависимости от их собственного выбора, были обязаны учиться в духовных учебных заведениях. Выход из духовного сословия был практически невозможен, так же как практически невозможно было (по крайней мере вплоть до середины XIX века) представителю иных сословий стать священнослужителем. Священный сан нередко передавался по наследству от отца к сыну или же переходил от тестя к зятю; выборность приходского духовенства, характерная для Московской Руси, в синодальный период была уничтожена. Вплоть до второй четверти XIX века политику правительства характеризовало стремление к сокращению численности приходов. Время от времени проводились «разборы» лиц духовного сословия (причетников и детей духовенства) на государственную и военную службу. Несмотря на все принимавшиеся правительством меры, происходил постепенный рост числа приходов и духовенства, однако этот рост был непропорционален росту населения. На рубеже XIX и XX столетий на душу населения приходилось в два раза меньше храмов и в шесть раз меньше священнослужителей, чем два века назад.