После кончины в 1700 году патриарха Адриана царь Петр I воспрепятствовал избранию нового патриарха, и с 16 декабря 1700 по 1721 год Русская Церковь управлялась местоблюстителем патриаршего престола митрополитом Стефаном Яворским (1658—1722). В 1721 году — за несколько месяцев до того, как Россия была провозглашена империей, а Петр получил титул императора — был издан манифест об учреждении «Духовной коллегии» во главе с президентом (после смерти митрополита Стефана должность президента была упразднена). На первом же заседании новосозданной коллегии было решено переименовать ее в Святейший Правительствующий Синод. В 1722 году была учреждена должность обер–прокурора Синода, на которую императором назначался «из офицеров добрый человек». В задачу обер–прокурора входил контроль и надзор за деятельностью Синода: обер–прокурор стал в Синоде «оком государевым». В 1723 году упразднение московского патриаршества было признано Константинопольским и Антиохийским патриархами, назвавшими российский Святейший Синод своей «сестрой во Христе» (в греческом языке слово «синод» женского рода).
Решение о замене единоличной власти патриарха коллегиальной властью Синода созревало у Петра I на протяжении многих лет, и главной причиной этого решения было нежелание императора видеть в патриархе возможный параллельный центр власти (как это было при патриархах Филарете и Никоне). Император решил сам возглавить Церковь и максимально приблизить систему церковного управления к той, что существовала в протестантских странах. Идеологическая основа реформы была разработана фаворитом Петра архиепископом Псковским Феофаном Прокоповичем (1681—1736), автором «Духовного регламента», в котором прямо говорилось об опасности патриаршей власти для государства: «Велико и се: что от соборного правления не опасатися отечеству мятежей и смущения, яковые происходят от единого собственного правителя духовного. Ибо простой народ не ведает, како разнствует власть духовная от самодержавной, но великою высочайшего пастыря честию и славою удивляемый, помышляет, что таковый правитель есть то вторый Государь, самодержцу равносилный или и болший его, и что духовный чин есть другое и лучшее государство». В другом произведении Феофан так характеризовал царскую власть: «Государь, власть высочайшая, есть надсмотритель совершенный, крайний, верховный и вседействительный, то есть имущий силу и повеления, и крайнего суда, и наказания, над всеми себе подданными чинами и властьми, как мирскими, так и духовными. И понеже и над духовным чином государское надсмотрительство от Бога уставлено есть, того ради всяк законный Государь в Государстве своем есть воистину епископ епископов».
После смерти Стефана Яворского Феофан Прокопович фактически возглавил Синод (с 1726 года в звании первого вице–президента). Феофан был одной из самых мрачных фигур в истории русского Православия. Мстительный и жестокий, он безжалостно расправлялся со своими идейными противниками, которых у него было немало. В период его единовластия в Синоде несколько архиереев, которых Прокопович считал своими врагами или которые выступали против петровской реформы, были лишены сана и сосланы в заточение в монастыри. Расправы над непокорными архиереями продолжились и после смерти Прокоповича, что к концу правления Анны Иоанновны практически положило конец сопротивлению высшего духовенства петровской реформе.