Одним из оплотов старообрядчества на некоторое время стал Соловецкий монастырь. Еще в 1658 году его настоятель архимандрит Илия устроил в монастыре Собор, который отверг новопечатные книги. После того как в 1667 году монахи отвергли также и деяния Собора 1666 года, Алексей Михайлович послал на Соловки войска для усмирения бунта. Осада монастыря длилась восемь лет и вошла в историю старообрядчества как «Соловецкое стояние», подвиг стояния за веру и старые обряды. В ходе осады большинство иноков погибло от голода и болезней, оставшиеся были истреблены. В 1676 году, вскоре после победы над раскольниками, царь Алексей Михайлович скончался, и старообрядцы увидели в этом кару Божию. С этого времени старообрядцы встали в оппозицию государственной власти, которая подвергала их жестоким гонениям. Протопоп Аввакум, ставший символом сопротивления «никонианству», вместе с другими лидерами старообрядчества был в 1681 году заживо сожжен в дровяном срубе. Старообрядцы ответили на эту казнь массовыми самосожжениями.
В XVIII–XIX веках старообрядчество, несмотря на репрессии со стороны государства, распространилось по всей России и вышло за ее пределы. Старообрядчество распалось на множество толков, или «согласий», из которых основными в настоящее время являются поповцы и беспоповцы — первые имеют церковную иерархию и священство, вторые не имеют. В 1971 году Поместный Собор Русской Православной Церкви отменил наложенные Соборами 1656 и 1667 годов клятвы на старые обряды, подчеркнув, что «спасительному значению обрядов не противоречит многообразие их внешнего выражения, которое всегда было присуще древней неразделенной Христовой Церкви и которое не являлось в ней камнем преткновения и источником разделения». Печальное разделение, однако, сохраняется до сего дня.
Православие в Западной Руси. Брестская уния и ее последствия
История Православия на малороссийских землях после образования в середине XV века Киевской митрополии характеризуется постоянным противодействием папскому стремлению насадить в этих землях унию. Первый Киевский митрополит Григорий, поставленный в Риме в 1458 году, уже в середине 1460–х годов разорвал общение с Римом по причине непризнания Флорентийской унии православным населением Великого княжества Литовского и Королевства Польского. Последующие Киевские митрополиты подчинялись Константинопольским патриархам, хотя это подчинение носило формальный характер. Правители Польши и Литвы, будучи католиками латинского обряда, способствовали распространению католичества на подведомственных им территориях и ущемляли интересы православных. В то же время они активно вмешивались во внутреннюю жизнь Православной Церкви, назначали и смещали епископов, иной раз на епископские кафедры назначались светские лица. Некоторые иерархи, стремясь к большей независимости от светской власти, считали выходом из положения заключение унии с Римом, что позволило бы им беспрепятственно совершать богослужения по восточному обряду, однако большинство епископов, несмотря на оказываемое давление, вплоть до конца XVI века противодействовало этим настроениям.
В течение 1590—1596 годов в Бресте состоялось несколько Соборов, целью которых было упорядочить церковную жизнь на территории Киевской митрополии и выработать стратегию по противодействию протестантизму и латинскому католицизму. Однако на последнем из этих Соборов, состоявшемся в 1596 году, было принято решение о вступлении в унию с Римом. Этому решению предшествовала переписка с папой Римским Климентом VIII, в ходе которой митрополит и епископы добивались в случае принятия униатства уравнения в правах с латинскими епископами. Никаких привилегий, так же как и искомой автономии, епископы от папы не получили, однако на Собор в октябре 1596 года съехались с намерением принять унию. Противники унии во главе с князем Константином Острожским созвали в Бресте свой Собор, на который приглашали сторонников унии: в Соборе принимали участие два епископа — Львовский Гедеон и Перемышльский Михаил, наместники наиболее известных монастырей, а также представитель Александрийского патриарха Кирилл Лукарис (впоследствии патриарх Константинопольский). 9 октября Собор во главе с митрополитом Михаилом Рагозой принял решение о присоединении Киевской митрополии к Риму. В тот же день православный Собор низложил епископов, принявших унию, 10 октября униатский Собор низложил противников унии, обратившись к королю Сигизмунду III с призывом передать их епархии, монастыри и храмы униатам. Король поддержал унию и признал оставшихся верными Православию епископов низложенными.