31 августа 1946 г. Епархиальное собрание избрало архиепископа Елевферия правящим архиереем Чешской епархии. Экзарх проживал в Праге, но 10 июля 1947 г. был утвержден и временно управляющим Прешовско-Словенской епархией. 26 апреля 1946 г. архиепископа наградили правом ношения креста на клобуке. В это время на всей территории Чехословакии действовало немногим более 30 православных приходов: 12 чешских (15 священнослужителей), 20 словацко-русинских (10 священников) и 4 русских (16 священнослужителей).[180]
В сентябре 1946 г. Владыка Елевферий посетил находившегося в Карловых Варах на лечении Патриарха Сербского Гавриила (Дожича). После освобождения из немецкого плена тот поселился в Риме и долгое время не желал переезжать в Югославию, где после окончания Второй мировой войны к власти пришло коммунистическое правительство И.-Б. Тито ожидая возвращения в страну короля Петра. После переговоров, проведенных архиепископом по поручению священноначалия и с санкции советских властей, Патриарх Гавриил принял решение о возвращении в Югославию, что и сделал 14 ноября 1946 г.[181]
В докладе Г. Г. Карпова в ЦК ВКП(б) от 14 февраля 1947 г. отмечалось, что архиепископ Елевферий «по поручению патриарха Алексия, провел с Гавриилом ряд бесед и убедил его в необходимости вернуться в Югославию и сотрудничать с демократическим правительством Тито, оставив надежды на восстановление монархии».[182]
В докладе помощника Карпова С. К. Белышева заместителю председателя Совета Министров СССР К. Е. Ворошилову о положении Православных Церквей в Западной Европе от 3 марта 1947 г. также говорится о том, что Патриарх Гавриил изменил свое отношение к правительству И.-Б. Тито и решил вернуться в Югославию под влиянием архиепископа Елевферия, после того как тот несколько раз разговаривал с Патриархом во время его лечения в Чехословакии.[183]Однако лишь решением от 15 мая 1948 г. Священный Архиерейский Собор Сербской Церкви окончательно отпустил Чешскую епархию в юрисдикцию Московского Патриархата.[184]
Официальная передача епархии была проведена лично Патриархом Гавриилом во время Совещания глав и представителей Поместных Православных Церквей в Москве в июле 1948 г.Главным направлением деятельности архиепископа Елевферия в должности экзарха стало восстановление Православной Церкви в Чешских землях после ее фактического уничтожения в период немецкой оккупации. Общее впечатление, вынесенное Владыкой из ознакомления с местной церковной жизнью, первоначально было, по его словам, «безотрадным». В первом докладе, направленном в Москву 20 июня 1946 г., экзарх писал: «Чувствую себя совершенно одиноким. Не с кем посоветоваться, как правильно поступить в том или ином случае. Здесь иной народ, иные обычаи и законы. Нужно все изучить, но как изучить, когда не знаешь чешского и словацкого языка, а чтобы ими хорошо владеть, потребуется время не один год… Засилье католиков сказывается везде. По всей Чехословакии множество католических костелов, частое торжеств[енное] богослужение, масса католич[еского] духовенства, миссионеров, проповедников, монахов и монахинь, неограниченные средства, усиленная пропаганда среди всех слоев населения. И с католиками считаются; в отдельных местностях — ясная их поддержка…».[185]