По словам попечителя учебного округа, в студенческих работах Харьковского университета были обнаружены «дерзкие выходки и фразы по отношению к религии и церкви, бессмысленно восторженные отзывы об изгнании религиозного воспитания из школы». Попечитель объяснял эти «дерзкие выходки» «разнузданностью понятий» студентов. На самом деле под влиянием материалистических и революционных идей среди студентов были широко развиты антицерковные и антирелигиозные взгляды, проявлявшиеся в ряде случаев в форме активных атеистических выступлений.
Вместе с обер-прокурором синода К. Победоносцевым активно выступал против науки и просвещения преемник Д. Толстого И. Д. Делянов. Университетский устав 1884 года был пропитан духом характерной для политики самодержавия 80-х годов «бессмысленной и зверской реакции». Устав ликвидировал остатки университетской свободы, превратил профессоров в послушных исполнителей воли самодержавия и церкви. Циркуляр о кухаркиных детях 1887 года, предписывавший не допускать в гимназии детей рабочих и мелких служащих, преследовал цель закрыть перед ними двери высших учебных заведений и ликвидировать в студенческой среде «недовольство», «озлобление против существующего неравенства», которое циркуляр считал «неизбежным по самой природе вещей»44
.Учебный процесс в высшей школе был проникнут поповщиной и проповедью идеализма. На исторических факультетах большое внимание уделялось религии и истории церкви. Кроме обязательного для всех факультетов курса богословия, читались ещё такие предметы, как история русской церкви, христианизация славянских земель, история отдельных периодов русской церкви. Церковная тематика занимала большое место в студенческих работах и в работах профессоров-идеалистов. Например, в Харьковском университете в 1902-1904 гг. для «научных» профессорских работ избирались такие темы: «Белгородские архиереи и их архипастырская деятельность» Л. Лебедева, «Предпасхальный пост» И. Бродовича, «Исследование по истории божьего царства в средние века» А. Вягизина, «Воскресение Христово» Филевского, его же «Истина св. троицы в христианстве». Профессор юридического факультета E. Темниковский в своей работе «Положение императора всероссийского в русской православной церкви», изданной в 1908 г., защищал неограниченную царскую власть ссылками на св. писание45
.Эти «учёные», «продажные писаки и составители сочинений на заказ» выпускали, по словам Ленина, «горы высокоученого хлама и сора для забивания голов учащейся молодёжи»46
.Богословие было одной из основных дисциплин университетского преподавания. Оно ставило своей задачей доказать, что вне церкви нет истины. В курсе богословия говорилось о роли богословия для университетских паук, об отношении религии к науке и необходимости подчинения наук религии; давался обзор религий с обличением католической, протестантской и других религий. В курсе богословия излагались основы христианской религии, злобной критике подвергались материалистические взгляды о происхождении мира, человека. Церковники называли учёных профанами, ничего но знающими о существовании материи, о законах природы, они проводили реакционные идеи о том, что в области познания должна господствовать вера.
Для борьбы с неверием и атеизмом церковники требовали создания в университетах, помимо кафедры богословия, ещё специальных кафедр по церковной истории и церковному законоведению, а на историко-филологическом факультете — специальных курсов по истории православной церкви.
Считая недостаточными принятые правительством меры по усилению религиозного преподавания в высшей школе, воинствующее духовенство настаивало на открытии при университетах специальных богословских факультетов, по примеру Юрьевского университета, богословский факультет которого, будучи рассадником реакционных пасторов, вёл активную борьбу с распространением в университете передовых идей. На богословском факультете Юрьевского университета в 1900 г. было 145 студентов, в то время как на историко-филологическом факультете занималось только 100 человек.
Профессор богословия Киевского университета протоиерей П. Я. Светлов в 1906 г. напечатал записку «О необходимости богословских факультетов в университетах», в которой пытался доказать, что изучением богословия во всей его полноте следует заниматься в интересах университета, церкви и государства. Этот учёный мракобес, автор многих псевдоучёных трудов, доказывал, что без богословия не обойтись при изучении философии, государственного права, политической экономии, даже уголовного права. «В область богословия, — писал он, — особенно вторгаются такие науки, как естествознание, медицина, психиатрия, невропатология». Светлов подчёркивал, что прошло время, когда научное мировоззрение и научные идеи можно было критиковать одними текстами из библии. «В богословии необходимо пользоваться, — убеждал он, — выводами других наук, для успеха пропаганды религии христианским апологетам надо знать математику и естественные науки».