20 ноября 1866 г. послушник Василий был пострижен в монашество с наречением имени Варнава. 24 января 1873 года лаврский наместник преподобный Антоний (Медведев) утвердил отца Варнаву народным духовником Пещерного отделения Гефсиманского скита. Вскоре он также стал и братским духовником пещер, а в 1890 году – духовником всего скита.
К прозорливому старцу Варнаве приходили паломники со всей России, он помогал людям каяться, давал душеспасительные советы. По молитвам подвижника разрешались семейные неурядицы, происходило множество исцелений. Легкие болезни он советовал исцелять строгим постом («хлеб да вода не сделают вреда»), при тяжелых заболеваниях иногда сам рекомендовал тех или иных врачей.
Однажды к старцу приехала жена разбитого параличом крестьянина, она просила помолиться о несчастном, который вот уже десять лет как прикован к постели. Старец Варнава благословил женщину и сказал:
Чаще всего старец советовал больным теплее молиться и чаще приступать к принятию Святых Тайн Христовых, кроме того, советовал воздерживаться от излишеств во всем.
Старец имел дар прозорливости. Сохранилось предание, что в январе 1905 года старца посетил царь Николай II. Старец Варнава не только подтвердил уже известное государю пророчество о предстоявшей мученической судьбе, но и благословил его принять эту участь, укрепив в нем волю к несению своего креста, когда Господу угодно будет этот крест на него возложить.
17 февраля 1906 года старец скончался. На его могиле почти сто лет происходили чудеса: люди излечивались от тяжелых болезней, находили духовное успокоение.
В 1995 году, в день Собора Радонежских святых, в Успенском соборе московского Кремля Святейшим Патриархом была совершена канонизация иеромонаха Варнавы (Меркулова). Дни празднования – 6 июля, 17 февраля.
Молитва преподобному Варнаве Гефсиманскому