В 1581 году валаамским инокам было послано новое испытание – эпидемия чумы. Вскоре после этого несчастья пламя очередной шведской войны опустошило и саму обитель: церкви, кельи, трапезу и ограду.
После заключения мира со шведами обитель была восстановлена, начался ее расцвет. Процветание Валаамского монастыря в XV–XVI веках дало основание называть его честной и великой Лаврой.
При игумене Макарии Валаамская обитель была уничтожена до основания. Разорив Валаам, шведы погубили и ростки православной веры, насажденной иноками на финском берегу Ладожского озера: храмы были сожжены, священнослужители убиты или изгнаны. Остров Валаам, таким образом, более чем на целое столетие оказался в руках иноверцев.
В 1715 году последовал указ императора Петра I о возобновлении монастыря. В течение всего XIX века ведется активное строительство и благоустройство монастыря. В начале XX века при Валаамском монастыре существовало 13 скитов.
После октябрьского переворота в 1917 году Валаам оказался на территории Финляндии, что позволило на время сохранить обитель. В 1939 году советско-финские международные отношения ухудшились. 12 октября в монастыре был прекращен колокольный звон. 30 ноября 1939 года в 8 часов утра войска Красной Армии начали военные действия на финском фронте. Валаамский архипелаг не был местом военных действий, но обитель не раз подвергалась бомбардировкам. 20 декабря 1939 года началась постепенная эвакуация братии.
13 марта 1940 года Валаамские иноки по радио узнали, что подписан мирный договор между Финляндией и СССР, по которому вся Карелия с монастырями Валаамским, Коневским и Линтульским отошли к СССР. По договору жителям давалось несколько дней для отъезда вместе с имуществом с передаваемой территории в Финляндию.
В бывшей усадьбе Папинниеми в сельской местности Хяйнавеси, приобретенной братией 24 июля 1940 г. на территории Финляндии, началась жизнь монастыря, который впоследствии получил название Новый Валаам.Если ты исполнишь три условия, где бы ты ни жил, будешь мирен. Первое – оставь волюшку свою позади себя; второе – укоряй себя и третье – считай себя хуже всех.
Старец Варсонофий
19 марта 1940 года Валаамский архипелаг был передан советским войскам. В эти годы иноки несколько раз посещали обитель для приведения в порядок Валаамского хозяйства. В послевоенные годы Валаам оказался в запустении. И лишь в 1965 году власти, организовав на острове природный заказник, решили дать Валааму новую жизнь.
В 1979 году природный заказник был преобразован в историко-архитектурный и природный музей-заповедник, в связи с чем некоторым зданиям был придан статус памятников. Предполагались устройство туристического аттракциона с канатной дорогой и аэродромом, в соборе – зала органной музыки, строительство нового поселка на 1000 жителей.
18 сентября 1989 года, по инициативе митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия, Совет министров Карелии решил «передать в пользование» Ленинградской епархии Спасо-Преображенский собор с внутренним каре и расположенные рядом скиты, кроме Воскресенского и Гефсиманского.