Отец Назарий деятельно занялся в монастыре строительством. Он составил план каменного монастырского здания с келейными корпусами, расположенными четырехугольником. План был утвержден митрополитом Гавриилом 10 февраля 1785 года и в течение восьми лет, с помощью благотворителей, все монастырские постройки были возведены.
В 1789 году игумен Назарий обратился к митрополиту Гавриилу с просьбой о строительстве новой каменной церкви в скиту. Тот согласился, и уже в 1793 году в обители были освящены два храма:
Тогда же вблизи монастыря были построены два каменных дома для рабочих, каменный дом для приема странников и каменная пустынная келия для игумена Назария – место духовного отдохновения старца от тяжких трудов настоятельства. В том же году по высочайшему повелению в монастыре была учреждена епархиальная больница на пять человек.
В 1794 году состоялось освящение
Благодаря попечению отца Назария обитель Валаамская возродилась из запустения. Игумен Назарий придавал большое значение не только внешнему строительству монастыря, но и устройству внутренней жизни. По воле митрополита Гавриила отец Назарий ввел в монастыре общежительный устав по образцу Саровской пустыни. Его стараниями и молитвами было введено строгое уставное богослужение, в также три вида монашеской жизни:
Со вступлением отца Назария в управление Валаамским монастырем начинается эпоха внутреннего возрождения обители. Ученики старца вспоминали, что между братией отец Назарий ввел строгий порядок монашеской жизни. Более же всего требовал он смирения – как основной из христианских добродетелей.