Вплоть до осени 1944 г. архиепископ Серафим входил в Синод РПЦЗ, хотя, несмотря на неоднократные просьбы митрополита Анастасия, из-за противодействия болгарских и германских властей в течение войны ни разу не смог приехать на заседания Синода в Белград. Однако проекты всех важнейших решений пересылались для его отзыва в Софию. 9 июня 1942 г. митрополит Анастасий просил владыку Серафима известить руководство Болгарской Церкви о запрещении в священнослужении ставшего главой неканонической Хорватской Православной Церкви архиепископа Гермогена (Максимова), высказать по этому поводу свое суждение и в очередной раз попытаться «получить разрешение для участия в заседании Синода». 12 мая 1943 г. Первоиерарх РПЦЗ с горечью констатировал, что Архиерейский Синод «сейчас сводится» к председателю (митрополит Анастасий), секретарю (Г. Граббе) и трем членам: архиепископу Курскому Феофану (Гаврилову), митрополиту Берлинскому Серафиму (Ляде) и архиепископу Богучарскому Серафиму (Соболеву), причем два последних могут лишь посылать письменные отзывы[1369]
.18 июня 1943 г. скончался архиепископ Феофан, и митрополит Анастасий 17 июля предложил занять место секретаря Синода и его члена – епископу Венскому Василию (Павловскому). В своем отзыве на проект этого решения от 11 июля архиепископ Серафим (Соболев) согласился с привлечением епископа. 11 августа митрополит Анастасий письменно попросил Богучарского архиепископа до прибытия епископа Василия в Белград временно исполнять обязанности секретаря Синода и в этом качестве подписать определение Архиерейского Синода по делу о нестроениях в Париже. Архиепископ Серафим подписал это определение, но, судя по всему, в Софии, не приезжая в Белград. Обязанности секретаря Синода он исполнял недолго, уже 14 сентября 1943 г. епископ Василий получил визу немецких властей и вскоре прибыл из Германии в Белград[1370]
.В начале сентября 1943 г. архиепископ Серафим участвовал в отпевании скоропостижно скончавшегося 28 августа болгарского царя Бориса III, а в Никольской церкви Софии по распоряжению владыки начал совершаться сорокоуст по почившему царю, первую литургию совершил сам архиепископ в сослужении местного русского духовенства. Однако отношения владыки Серафима с официальными болгарскими властями по-прежнему оставались не слишком доброжелательными. Следует упомянуть также, что сразу после получения в Белграде известия о кончине царя – 29 августа Первоиерарх РПЦЗ отслужил панихиду в русской Свято-Троицкой церкви, а 5 сентября – в день погребения Бориса III по приглашению болгарского посла именно митрополит Анастасий совершил торжественную панихиду в здании посольства. Перед началом панихиды митрополит произнес краткое слово, в котором выразил сочувствие болгарскому народу и отметил преданность царя Бориса Православной Церкви. Прощаясь с послом, владыка Анастасий вручил ему письмо на имя наместника-председателя Синода Болгарской Церкви с выражением сочувствия от лица Архиерейского Синода РПЦЗ[1371]
.Первые серьезные расхождения у архиепископа Серафима с другими членами Архиерейского Синода начались как раз в сентябре 1943 г., после избрания Патриархом Московским и всея Руси митрополита Сергия (Страгородского). Митрополит Анастасий, как и большинство архиереев РПЦЗ, это избрание не признал и уже 28 сентября переслал владыке Серафиму в Софию свое официальное заявление по этому поводу. 21–26 октября состоялось Архиерейское совещание РПЦЗ в Вене, которое приняло резолюцию о неканоничности избрания митрополита Сергия Патриархом. 3 ноября 1943 г. владыка Анастасий разослал итоговые документы совещания главам некоторых автокефальных Православных Церквей, в том числе Болгарской, но ответа ни от кого не получил. В письме митрополиту Берлинскому и Германскому Серафиму (Ляде) от 2 декабря 1943 г. Первоиерарх РПЦЗ отмечал, что болгарские иерархи расценивают постановление совещания «как вызванное только политическими причинами»[1372]
.Относительно позиции владыки Серафима в это время в научной литературе можно встретить прямо противоположные утверждения. С одной стороны, известный историк РПЦЗ о. Георгий Зайде писал, что архиепископ участвовал в Венской Архиерейской конференции 21–25 октября 1943 г., подписал ее декларацию о признании неканоничности выборов Патриарха Сергия, а после 1945 г. назвал свою принадлежность к Синоду РПЦЗ и свое участие в Венской конференции «внешним» и «формальным»[1373]
. С другой стороны, российская исследовательница А.С. Новикова отмечала: «Во время Второй мировой войны он не давал своего благословения русским эмигрантам, жившим в Болгарии, поступать в Русский корпус, добровольческие части которого входили в состав германской армии, дабы не пролилась русская кровь в братоубийственной войне. В годы Второй мировой войны владыка Серафим фактически был в разрыве с Заграничным Синодом Русской Православной Церкви, так как не был согласен с прогерманской позицией Священного Синода»[1374].