Ни продление срока ссылки, ни переводы во всё более отдалённые от центра места, ни ужесточение условий заключения не смогли сломить волю Святителя, хотя и сокрушили могучее здоровье Владыки. Все годы тяжёлого одиночного заключения он даже словом не проявил ни к кому неприязни или нерасположения. В то время он писал: «... как Предстоятель Церкви я не должен искать своей линии. В противном случае получилось бы то, что на языке Церковном называется лукавством». На предложение властей принять на себя роль осведомителя в Церкви, Патриарший Местоблюститель резко ответил: «подобного рода занятия несовместимы с моим званием и к тому же несходны моей натуре». И хотя Первосвятитель был лишён возможности управлять Церковью, он оставался в глазах многих мучеников и исповедников, возносивших его имя за Богослужением, надёжным островком твёрдости и верности в годы отступлений и уступок богоборческой власти.
Условия заключения Святителя были очень тяжелы. Владыка страдал от того, что, чувствуя себя в ответе перед Богом за церковную жизнь, он был лишён всякой связи с внешним миром, не знал церковных новостей, не получал писем. Когда же до него дошли сведения о выходе «Декларации» митрополита Сергия (Страгородского), являвшегося его заместителем, Владыка был потрясён. Он был уверен в митрополите Сергии, в том, что тот осознаёт себя лишь «охранителем текущего порядка», «без каких-либо учредительных прав», что Святитель ему и указал в письме 1929 года, где мягко укорил митрополита Сергия за превышение им своих полномочий. В том же письме Владыка просил митрополита Сергия «исправить допущенную ошибку, поставившую Церковь в унизительное положение, вызвавшее в Ней раздоры и разделения...».
В начале 1928 года с Владыкой имел возможность встретиться и беседовать участник одной научной экспедиции, профессор Н. Ему Владыка так сказал о своей оценке деятельности митрополита Сергия: «Для Первоиерарха подобное воззвание недопустимо. К тому же я не понимаю, зачем собран Синод, как я вижу из подписей под Воззванием, из ненадёжных лиц. В этом воззвании набрасывается на Патриарха и меня тень, будто бы мы вели сношения с заграницей политические, между тем, кроме церковных, никаких отношений не было. Я не принадлежу к числу непримиримых, мною допущено всё, что можно допустить, и мне предлагалось в более приличных выражениях подписать Воззвание, но я не согласился, за это и выслан. Я доверял м. Сергию и вижу, что ошибся».
В 1929 году священномученику Дамаскину, епископу Стародубскому, удалось наладить через связного общение с митрополитом Петром. Через этого связного Святитель устно передал следующее: «1. Вы, епископы, должны сами сместить митрополита Сергия. 2. Поминать митрополита Сергия за Богослужением не благословляю».
В 1930 году из зимовья Хэ Святитель написал ещё одно, последнее, письмо к митрополиту Сергию, где выразил огорчение, что тот, как лицо ему подчинённое, не посвятил его в свои намерения относительно легализации Церкви путём недопустимых компромиссов: «Раз поступают письма от других, то, несомненно, дошло бы и Ваше». Выражая своё отрицательное отношение к компромиссу с коммунистами и к уступкам им, допущенным митрополитом Сергием, Владыка прямо требовал от последнего: «Если Вы не в силах защищать Церковь, уйдите в сторону и уступите место более сильному».
Таким образом, Святитель считал, что русские архиереи должны сами наложить прещение на митрополита Сергия за его антиканонические деяния. Возможно, для этого и было подготовлено в 1934 году Послание священномученика архиепископа Серафима (Самойловича) о запрещении митрополита Сергия в священнослужении.
В 1931 году Владыку частично парализовало. Случилось это после визита Тучкова, предложившего Святителю стать осведомителем ГПУ. Ещё ранее у него началась цинга. В 1933 году больного астмой престарелого Святителя лишили прогулок в общем тюремном дворе, заменив их выходом в отдельный двор-колодец, где воздух был насыщен тюремными испарениями. На первой «прогулке» Владыка потерял сознание. Когда его перевели с ужесточением режима в Верхнеуральскую тюрьму особого назначения, то поместили снова в одиночной камере, а вместо имени дали № 114. Это был режим строгой изоляции.
Есть свидетельства о том, что митрополит Сергий (Страгородский), ожидая освобождения законного Местоблюстителя, направил советскому правительству письмо, что в случае выхода из заключения митрополита Петра, вся Церковная политика уступок изменится в прямо противоположную сторону. Власти отреагировали должным образом, и Владыка Пётр, дождавшись дня освобождения – 23 июля 1936 года – в Верхнеуральской тюрьме, вместо свободы получил новый срок заключения ещё на три года. К этому моменту ему было уже семьдесят четыре года и власти решили объявить Святителя умершим, о чём и сообщили митрополиту Сергию, которому в декабре был усвоен Патриаршего Местоблюстителя – ещё при живом митрополите Местоблюстителе Петре. Так прошёл ещё год тяжкого заключения для больного старца-первосвятителя.