Кроме того, он часто совершал Божественную литургию за умерших и говорил, что такая литургия приносит великую пользу усопшим. В подтверждение святитель указывал на событие, случившееся на острове Кипре. Один пленник из Кипра находился в Персии в тяжком заключении. Родители его думали, что он погиб. Трижды в год они справляли память о нем, делая приношения в церковь за его душу для совершения Божественной службы. Через четыре года их сын вернулся. Он рассказал, что во время его плена три раза в год, а именно – в день Богоявления, Пасхи и Пятидесятницы, в которые и совершались по нему поминовения, – к нему в темницу приходил со светильником некий величественный муж, оковы падали с его ног, и он был свободен. В остальные же дни юноша, как узник, оставался в оковах.
Так святитель Иоанн как добрый пастырь словом и делом заботился о вверенных ему людях и с кротостью управлял Христовою Церковью.
Случилось, что персы напали на их страну. Иоанн, памятуя слова Спасителя: «Когда же будут гнать вас в одном городе, бегите в другой» (Мф. 10, 23), решился удалиться на время в Константинополь. Во время пути на корабле святитель заболел. Когда он лежал на постели, ему было знамение: в сонном видении явился светозарный муж и сказал: «Царь царей зовет тебя к Себе». Это видение предвозвестило скорую кончину патриарха. Прибыв на Кипр, в родной город Амафунт, святитель с миром отошел ко Господу.
Умирая, святой Иоанн говорил: «Благодарю Тебя, Господи Боже мой, что Ты сподобил меня принести Тебе Твое, и что из благ мира сего ничего для меня не осталось, кроме лишь третьей части сребренника; но и относительно сей части я завещаваю, чтобы она была отдана нищим. Когда я был назначен Александрийским патриархом, я нашел в моей епархии около восьми тысяч литр золота; от приношений же боголюбцев я собрал более десяти тысяч литр, которые все отдал я Христу. Ему же предаю ныне и душу мою».
Блаженный был погребен в своем родном городе Амафунте, в церкви святого Тихона чудотворца, вместе с двумя почивающими там епископами. При этом произошло следующее событие. Когда хотели с ними положить святого Иоанна, то те тела раздвинувшись, как живые, отделились друг от друга и в средине между собою дали место телу Иоанна. Это чудо все присутствовавшие видели воочию и, пораженные, с изумлением прославляли Бога.
Святой милосердный патриарх не оставил попечения о людях и после своей кончины. Об этом свидетельствует, например, следующее чудо.
Одна женщина, впав в тяжкий грех и стыдясь исповедать его своему отцу духовному, с верою пришла к блаженному Иоанну, когда он был еще жив, но уже болел и был близок к смерти. Поклонившись ему в ноги, она сказала, что стыдится открыть кому бы то ни было свой грех. Святитель велел ей написать грех на бумаге, запечатать и отдать ему. Женщина так и сделала. Через некоторое время блаженный Иоанн преставился. О ее письме он никому не сообщал. Женщина, вернувшись в город, боялась, что люди обнаружили ее записку и все узнали. Придя ко гробу святого, она плакала и жалела, что теперь опозорена перед всеми. В таком состоянии она пробыла у гробницы Иоанна три дня. На третью ночь святой Иоанн воочию вышел из своего гроба с двумя лежащими с ним епископами и сказал плачущей: «Женщина, доколе ты не оставишь нас в покое и не перестанешь слезами омочать наши одежды?» Он отдал ей ее письмо и сказал распечатать его и прочесть. Записка оказалась нетронутой. Женщина, развернув ее, нашла написанные ею слова вытертыми, вместо них было написано: «Ради раба Моего Иоанна, изглажен грех твой». Женщина, получив чудесно отпущение своих грехов, сильно обрадовалась и возвратилась в свой дом, славя и хваля Бога и величая угодника Его, святого Иоанна Милостивого.
После IV Крестового похода (1202—1204 гг.) мощи святителя Иоанна прибыли в Венецию и были помещены в древней церкви Иоанна Предтечи, построенной еще в VIII веке.