14 мая упомянутый подполковник К.А. фон Крузенштерн, представитель Северного корпуса по связям с эстонским командованием, сообщал в эстонский штаб: «По получении до сего времени сведениям трофеи корпуса достигли <…> более 1500 пленных, 2 батареи, более 30 пулеметов, три бронированных поезда, два пассажирских состава, весь штаб 3 бригады 6 дивизии с начальником бригады генералом Николаевым, начштаба бригады и комиссарами, а также весь бригадный обоз с более 300 лошадьми».
В книгах советских авторов, посвященных защите красного Петрограда от «белых банд», говорится, что белые уговаривали Николаева перейти к ним, но источники в стане белых этого не подтверждают.
«Вскоре в комнату, где мы находились, влетел капитан Данилов. Невысокого роста, стройный, с красивым продолговатым лицом, рука у него после недавнего ранения на перевязи, на груди Георгиевский крест, полученный им в Великую войну…
Узнав, что генерал Родзянко в Ямбурге, он пришел просить, чтобы поскорей повесили бы Николаева. „Он свободно разгуливает по Ямбургу, – возмущенно говорил Данилов, – и, того и гляди, удерет. Как начальник отряда, взявшего в плен Николаева, я предъявляю права на его шкуру“. Родзянко смеется громко и заразительно, и обещает назначить скоро суд над Николаевым. Генерал мало изменился с того времени, когда я его в последний раз видел во время войны в Петербурге», – вспоминал полковник А. Гершельман в своих мемуарах «В рядах Северо-Западной армии».
Слова Данилова о том, что, мол, Николаев «свободно разгуливает по Ямбургу», связаны с тем, что тот, в отличие от остальных пленных Красной армии, содержался под стражей не в тюрьме, а в частном доме. И ему, действительно, разрешались прогулки по городу.
Военно-полевой суд, состоявший из офицеров гвардии, постановил казнить А.П. Николаева через повешение с лишением офицерской чести. Что и произошло 28 мая 1919 года. Перед казнью над его головой сломали шашку…
Как сообщала большевистская газета «Боевая правда», Николаева казнили на том месте, где были братские могилы красноармейцев, которые белые сравняли с землей. Неподалеку стоял разрушенный памятник Карлу Марксу. По версии, принятой в книгах советских историков, перед казнью Николаев гордо произнес: «Я теряю чины и ордена. Вы отнимаете от меня жизнь. Вы отняли все, но не отнимите от меня веру в грядущее счастье людей». Сказав это, он сам надел себе петлю на шею.
После того, как в августе 1919 года Красная армия отбила Ямбург, останки Николаева торжественно перезахоронили с воинскими почестями как героя Красной армии. Выпустили даже плакаты с его изображением в военной форме царского времени, при генеральских погонах и регалиях. Крупными буквами было напечатано: «Красный генерал Николаев, расстрелянный под Петербургом Юденичем за то, что отказался служить у белых и объявил, что служит Советам по убеждению».
Останки Николаева эксгумировали и 3 октября 1919 года доставили на поезде из Ямбурга в Петроград. Очень вовремя, потому что 12 октября уверенная в своих силах Северо-Западная армия под командованием генерала Н.Н. Юденича снова взяла Ямбург и стремительным наскоком двинулась к Петрограду…
Лев Троцкий хотел устроить похороны на Марсовом поле, где создавался пантеон жертв революции. Однако, по просьбе вдовы Николаева, его похоронили на заводском Фарфоровском кладбище, которое располагалось неподалеку от квартиры, где проживала его семья. Когда в конце 1920-х годах началось разорение Фарфоровского кладбища (впоследствии оно полностью ликвидировано), останки А.П. Николаева перенесли уже в очередной раз. Его
окончательным местом упокоения стало Никольское кладбище Александро-Невской лавры.
Приказом Реввоенсовета РСФСР в начале 1920 года комбриг А.П. Николаев посмертно награжден орденом Красного Знамени. В документе указывалось: «Бывший генерал царской армии не только не отрекся от своей связи с нашей Красной армией, наоборот – бросил вызов в лицо своим палачам и умер с возгласом: „Да здравствует власть рабочих и крестьян!“».
В честь Александра Николаева переименовали Базарную площадь и Нарвскую улицу в Ямбурге, ставшем в 1922 году Кингисеппом. Спустя 49 лет после смерти генерала, в июле 1968 года, на одном из зданий бывшей Базарной площади установили мемориальную доску, посвященную А.П. Николаеву.