Вышли в свет его труды «Самодержавие духа (Очерки русского самосознания)», «Русь Соборная (Очерки христианской государственности)», «Голос вечности (Проповеди и поучения)», «Одоление Смуты (Слово к Русскому народу)», «Стояние в вере (Очерки церковной смуты»), сборники его писем к духовным чадам «Дай мне твое сердце» и «Наука смирения». Владыка Иоанн открыто отстаивал и обосновывал идею самодержавной монархии, показывал величие и заслуги ее основателя, первого русского Царя Ивана Грозного. Разоблачал клевету либералов, масонов, большевиков, вскрывая их технологии и очищая историю от их грязных фальсификаций. Труды митрополита Иоанна (Снычева) вызвали яростные шквалы нападок, обвинения в «антисемитизме», «монархизме», «национализме», «ксенофобии». Но люди потянулись к ним, как жаждущие к источнику чистой воды среди смрадного болота. На его работах выросло целое поколение патриотов: писателей, историков, публицистов, мыслителей, священников, монашествующих.
Владыка Иоанн в публичных выступлениях обличал и прозападную политику Ельцина. Но, с другой стороны, по своей должности ему приходилось взаимодействовать с администрацией Санкт-Петербурга, с клубком чиновников, дельцов, проходимцев, варившихся вокруг Собчака. Он и умер в этом клубке. Бывать у Собчака он не любил, избегал встреч. Но назрели проблемы с возвращением Церкви Александро-Невской лавры, решить их мог только «всемогущий» мэр. В то время Собчак совсем занесся, попасть к нему на прием было сверхсложно. Но владыке подсказали — 2 ноября 1995 г. мэр обязательно будет на банкете в честь пятилетия банка «Санкт-Петербург». Скрепя сердце, митрополит отправился на отнюдь не праведное мероприятие. Собчак, как начальство, опоздал на целый час. Вошел со своей супругой Людмилой Нарусовой, она заметила архиерея и шагнула к нему: «Благословите, владыка!». Его келейник о. Пахомий (Трегулов) описывал: митрополит поднял руку, посмотрел на вошедшую пару, и в его глазах, на лице, вдруг отразился ужас. Как будто позади них Святитель Иоанн увидел нечто такое, чего не видели окружающие, и это нечто было слишком страшным. Рука, поднятая для благословения, упала, и тело стало оседать на пол…
А сразу после смерти Святителя Иоанна начались потуги перечеркнуть его духовное наследие. Активно стала внедряться легенда, будто свои труды создавал вовсе не он сам, их начали приписывать пресс-секретарю митрополита Константину Душенову — а владыка, дескать, ничего не знал об этих работах. Хотя в публичных выступлениях он говорил то же самое, и Санкт-Петербургскую митрополию по праву считали главным оплотом патриотизма, твердого православия. Но владыки Иоанна не стало — и такое положение изменилось. Его преемником провели Владимира (Котлярова), заявившего: «Книги митрополита Иоанна надо из обращения изъять. Более того, необходимо выяснить, откуда они вообще взялись, ибо на самом деле он не имеет к ним никакого отношения». Да куда там — изъять! Его книги на прилавках не залеживались, их расхватывали мгновенно. Вот так одни подвижники помогали становлению других…
Однако само по себе расслоение Церкви, интриги и противоречия среди священства отнюдь не способствовали оздоровлению духовной обстановки в стране, расшатывали сознание людей, вели к брожению в умах и новым расколам. Ведь большинство рядовых верующих были настоящими, искренними. И многие из них — новообращенными. Православие воспринимали по-русски, всей душой. Стремились следовать ему полностью, до конца. Но они же не были слепыми. Прекрасно видели, что далеко не все священники подходят на роль «пастыря доброго». «Бизнесмены от церкви» и «карьеристы от церкви» могли сколько угодно повторять красивые, правильные проповеди, но прихожане-то понимали, что это за птицы. За собой они повести не могли, и их советы, наставления воспринимались как дежурные слова, по должности. Верующие искали чего-то большего, глубокого. А этим как раз и пользовались сектанты и раскольники всех мастей.
Так, с 1997 г. началась выдача новых, российских паспортов — вместо прежних, советских. Стали вводиться ИНН, медицинские страховые полисы, штрих-коды, карточки СНИЛС. Появились электронные соцкарты. Но стали распространяться слухи, будто все это «от лукавого». Что в вензелях новых паспортов замаскированы «три шестерки». Электронные карты — «антихристова печать». ИНН — антикрещение, замена имени номером. Внедряло новшество правительство — которому люди уже совершенно не верили. Ну а верхушка Церкви была тесно связана с правительством. Значит, и Церковь уже «порушилась», наступили времена апокалипсиса, антихрист «при дверях»!