Свою империю, образованную в 1279 году, он нарек Юань — то есть, «изначальная». Еще раньше, в 1266 году он приказал построить новую столицу — город Дайду — на месте, которое в настоящее время занимает город Пекин.
Китайцы в империи Юань — в особенности в первые годы ее существования — находились в униженном положении. Некоторое время для коренных жителей действовал запрет иметь оружие и лошадей, выходить из дома в темное время суток. Но в окружении императора появлялись китайские советники и ученые. Постепенно он смягчал отношение монгольской власти к покоренному народу, но сохранял нити руководства в руках степняков.
Земли щедро раздавались в уделы монгольской знати, крестьяне переводились на положение рабов и «крепостных». Недавние кочевники почувствовали себя аристократами. Их дети и внуки, несмотря на традиционное степное воспитание, становились изнеженными, утрачивали знаменитую монгольскую неприхотливость. Они подчас вели себя как щедрые меценаты. Богатыми пожалованиями монголы осыпали монастыри: буддийские (в особенности — ламаистские) и даосские. Покровительством пользовалось и мусульманское духовенство.
Великая Яса Чингисхана считалась главным законом империи, но параллельно с ней действовали своды китайского права. В делопроизводстве Хубилай предпринял попытку заменить китайские иероглифы на «квадратный алфавит», разработанный для монгольского языка на основе тибетского письма. Но это начинание не утвердилось. Он во многом вернулся к китайской конфуцианской системе образования, включая экзамены, которые приходилось сдавать чиновникам при переходе на новую должность.
Хубилай, подобно воинственному деду, любил снаряжать дальние походы. При нем были снаряжены военные экспедиции в Японию, Аннам (Центральный Вьетнам), Тьямпу (Чампу), Бирму, на Яву. Правда, далеко не все они принесли успех. Япония платить дань монголам категорически отказалась, а сил для большого десанта у юаньцев не было. Вассалом империи Юань считалась Корея, завоеванная монголами еще при Мунке. Король Кореи был женат на дочери Хубилая.
Побывавший в Китае знаменитый венецианский путешественник Марко Поло благожелательно отзывался о Хубилае, отметив строительство лечебниц, освобождение крестьян от налогов в голодные годы, распределение продовольствия среди неимущих. И все-таки к сбору налогов император относился строго. Оседлое население обложили поземельным, подворным и подушным налогами натурой (зерном и шелком) и деньгами, а кочевое — налогом на скот. Юань стала первой в мире империей, использовавшей бумажные деньги в качестве преобладающего средства обращения.
При Хубилае и его наследниках Китай стал по-настоящему многонациональной империей. В 1289 году император поручил пяти чиновникам организовать преподавание языка «истифи», то есть персидского или фарси, наряду с монгольским и китайским ставшим в эпоху Юань государственным языком в Китае. Связь китайцев с персами и народами Средней Азии в годы правления монголов чрезвычайно усилилась: ведь они считались подданными одной суперимперии, хотя и аморфной. А империя Юань, в отличие от других осколков державы Чингисхана, несколько десятилетий сохраняла спаянность.
Но не только представители восточных народов служили в Юани. Именно в те времена в самом центре Китая, в армии, среди воинов, приближенных к императору, появились и русские. Это была первая группы европейцев, долго живших и служивших в Китае. Так было принято во времена великого князя Ярослава Всеволодовича, его сына Александра Невского и их наследников. Ведь в то время — хотя во многом и формально — мы входили в одну империю с народами Китая. В империи Юань русские сохраняли приверженность православию. Некоторые, послужив императору, вернулись домой, но многие осели в Китае, обзаведясь там семьями. С тех пор связь нашего народа с Поднебесной не прерывалась.
Император покровительствовал и наукам — медицине, математике. И — изучению истории, которому китайцы издавна придавали великое значение. При нем даже была основана Академия государственной истории.
После смерти Хубилай-хана, Юаньская империя вступила в полосу глубокого кризиса. Конфуцианский учёный Чжан Янь-хао писал: «В период правления Хубилай-хана назначали чиновников на должности по их деловым качествам и способностям, а ныне не соблюдают этого правила и присваивают людям чины и звания в нарушение закона. В период Хубилай-хана не наказывали тех, кто делал хану представления, а ныне казнят их, не разбираясь в причинах. В период правления Хубилай-хана выпускали бумажные деньги на установленные суммы, а ныне их выпускают в любое время и столько, сколько требуется. В период правления Хубилай-хана налоги и повинности были фиксированными, а ныне берут их в любое время и забирают всё дочиста». Красноречивая характеристика. Возможно, отчасти здесь автор сгущает краски, но только отчасти.