В свою очередь I2а имеет мировой максимум в Боснии и Хорватии — в отдельных выборках до 60–70 %. В других популяциях южных славян ее частота составляет от 20 до 30 % и более. Она широко представлена также в Румынии (до 40 %), Молдове (20 %) и Греции (10–20 %). В Венгрии, где древнее население было сильно разбавлено волнами миграций, концентрация I2а остается на уровне около 10 %. За пределами Европы заметная ее доля зафиксирована только в Анатолии — около 2,5 %. Очевидна связь этой гаплогруппы с неолитическими культурами Балкан и Придунавья, сформировавшимися на местной мезолитической основе. Высокая концентрация в Румынии может указывать на то, что среди древних фракийцев гаплогруппа I2а была представлена довольно широко.
Помимо этого, у славян на уровне 5 % присутствует гаплогруппа E1b1b1, принесенная во время «неолитической революции» с Ближнего Востока, причем основная ее часть, видимо, приходится на мутацию V13, возникшую уже на Балканах не позднее конца бронзового века (но она представлена примерно в такой же концентрации и на западе Европы).
Из этого вытекает, что два основных компонента славянского генофонда имеют разное происхождение. Один из них, представленный гаплогруппой R1a1, является местным, присущим Восточной Европе со времен неолита. Характерные для него гаплогруппы были выделены по костным остаткам из могильника Элау в Восточной Германии (39), принадлежащего культуре шнуровой керамики. При этом славяне имеют самую высокую долю R1a1 среди ближайших соседей. Этот факт можно объяснить «эффектом основателя» при образовании пражской культуры, у носителей которой данная гаплогруппа оказалась в повышенной концентрации.
Второй компонент связан происхождением с Балканами и Подунавьем. Его высокая концентрация довольно резко отделяет славян от соседних балтов, финно-угров и германцев. Это значит, что для предковой балто-славянской или древнеевропейской популяции он был нехарактерен. Предки славян включили в свой состав этот компонент уже после разделения с балтами.
Здесь возможны два объяснения. Во-первых, высокую долю I2а мог привнести с собой позднескифский компонент, отчетливо ощутимый в среднеднепровском варианте зарубинецкой культуры и прослеживаемый затем вплоть до формирования киевской культуры. Лесостепные скифы-земледельцы сформировались при несомненном участии потомков белогрудско-чернолесской общности позднего бронзового века, в свою очередь имевшей общие корни с фракийцами.
Во вторых, доля I2а у славян могла повыситься за счет ассимиляции романизованных фракийцев во время их совместного пребывания в составе Аварского каганата, откуда эту примесь принесли в лесную зону расселявшиеся носители подунайского компонента луки-райковецкой культуры. Пока еще рано утверждать окончательно, какой из этих двух факторов был основным, но более высокая концентрация I2а на Полесье по сравнению с Западной Украиной и Словакией говорит в пользу первого предположения.
Третий характерный компонент славянского генофонда представлен гаплогруппой N1с (мутация M46/Tat), в основном — ее подгруппой N1c1 (мутация М178), широко распространившейся в лесной зоне Восточной Европы, вероятно, вместе с неолитической культурой ямочно-гребенчатой керамики. Ее сверхвысокая доля у современных финнов (от 60 до 77 %) объясняется, судя по низкому разнообразию сопутствующих полиморфных маркеров, сильным генетическим дрейфом (значительная часть финнов является потомками единственного мужчины, жившего несколько тысяч лет назад и принадлежавшего к этой гаплогруппе). Но у других финноязычных народов эта гаплогруппа тоже очень распространена: у карелов и вепсов — 35–40 %, удмуртов — 56, коми — 50. Почти столь же высока ее доля среди эстонцев, латышей и литовцев — на уровне 30–40 %. Очевидно, что местный компонент «лесного неолита» в их составе сопоставим с пришлым, привнесенным культурами шнуровой керамики.
На севере Восточной Европы присутствует еще одна любопытная гаплогруппа — N1b (мутация Р43), характерная для южной и западной Сибири. У нганасан она составляет более 90 % (здесь тоже несомненна роль генетического дрейфа), у ненцев — 50–56, у хантов — 38, у хакасов, тувинцев и народов Алтая — порядка 25–35. Тем интереснее ее присутствие на уровне 15–25 % у коми и удмуртов, около 10 — у марийцев и чувашей и в очень небольшой пропорции (менее 1 %) — у финнов. Очевидно, распространение этой гаплогруппы в Европе связано с миграцией носителей прафинских языков, фиксируемой в позднем бронзовом веке памятниками турбинско-сейминского типа, а затем — ананьинской и родственными культурами (позднекаргопольской, лукконсаари).