Эта тяжелая и продолжительная болезнь была явным действием Промысла Божия. Еще перед этой болезнью, летом 1846 года, о.Амвросий, тоже по причине болезненного состояния, освобождается от келейничества и, по ходатайству о.Игумена Моисея и старца Макария, получает от архиепископа Николая назначение быть помощником о.Макарию в духовничестве. В это время о.Амвросию было только 34 года, но старцы монастыря видели, что он в своей духовной жизни достиг высоких степеней нравственного совершенства и сможет принести большую пользу нуждающимся в духовном руководстве. Постигшая о.Амвросия тяжелая болезнь имела большое значение для его духовной жизни: она умерила живость его характера, предохранила его, быть может, от развития в нем самомнения и побудила его глубже войти в себя, лучше понять самого себя и человеческую природу. Болезни не покидали его до последних дней его жизни.
Несмотря на свои многочисленные болезни, о.Амвросий не только никогда не скорбел о них, но считал их необходимыми как лучшее средство для воспитания души. И насколько его внешний человек предавался тлению, настолько внутренний обогащался духом.
В это время одновременно с помощью старцу Макарию в духовничестве о.Амвросий вместе с другими учеными братиями занимался переводом святоотеческих писаний и подготовкой их к изданию. Эти труды продолжались вплоть до самой смерти иеросхимонаха Макария (7 сентября 1860 г.). Были изданы писания преподобных отцов: Нила Сорского, Варсонофия Великого и Иоанна, Симеона Нового Богослова, Феодора Студита, Максима Исповедника, Исаака Сирина, аввы Фаласия и аввы Дорофея; всех изданий было шестнадцать. Только один перечень имен святых отцов показывает, какими обширными познаниями обогатился о.Амвросий, участвуя в этой работе.
Перевод этих святоотеческих писаний был сделан старцем Паисием Величковским, но для издания их требовалась еще значительная обработка. Эта значительная работа была проделана некоторыми оптинскими монахами. В этих трудах заключалась и награда трудившимся. Так, один из участников этих трудов - о.Леонид (впоследствии архимандрит, наместник Троице-Сергиевой Лавры) - вспоминает: "Как щедро были награждены мы за малые труды наши! Кто из внимающих себе не отдал бы несколько лет жизни, чтобы слышать то, что слышали уши наши: это - объяснения старца (Макария) на такие места писаний отеческих, о которых - не будь этих занятий, - никто из нас не посмел бы и вопросить его, а если бы и дерзнул на сие, то несомненно, получил бы смиренный ответ: "Я не знаю сего, этой не моей меры". Какая требовалась глубина мысли и духовного опыта, чтобы составить примечания к писаниям святых отцов! И несомненно, что труд над творениями святых отцов явился для о.Амвросия как был школой систематического изучения аскетической литературы под руководством умудренного большим духовным опытом иеросхимонаха Макария.
Внешняя обстановка жизни о.Амвросия в этот период оставалась такой же простой, как в первые годы. В келье его по-прежнему царила полная нищета. В переднем углу стояло несколько икон. Около двери висели ряса и подрясник с мантией. Затем кровать с постланным на ней холщовым, набитым соломой, тюфяком и такой же подушкой. Под рукой у него была корзина, которая, вероятно, служила ему вместо комода или сундука. В употреблении пищи о.Амвросий, как и прежде, соблюдал крайнее воздержание. И во всем он хранил полное послушание старцу Макарию. "Казалось, что у о.Амвросия не было своей воли в распоряжении даже келейными мелочными вещами, а во всем воля старца, и во всем давался и отчет старцу о. Макарию". Вся иноческая жизнь о.Амвросия, протекавшая под окормлением мудрых старцев, шла ровно, без особых преткновений.
Оказывая о.Макарию значительную помощь в его переписке, о.Амвросий многое черпал из богатейшего источника мудрости этого старца. Многие письма, приходившие на имя о.Макария, о.Амвросий тоже читал. Ответы писались или под диктовку о.Макария, или непосредственно самим о.Амвросием. Все это способствовало тому, что он основательным образом познавал человеческую душу с ее тайными изгибами, с ее немощами и силами, это знакомило его с мирским человеком. Тут он научился любить страждущего человека до самопожертвования.