Настал наконец час обычного прощания с покойным. Раздались печальные стройные звуки дивно высокой священной песни: «Придите, последнее целование дадим, братие, умершему»... Снова вопли и рыдания огласили храм. Первым подошел к гробу преосвященный. Трогательна была минута прощания его с тем, к кому он ехал как к живому, но которого судил ему Господь застать умершим. Владыка взял лежавшую на аналое пред гробом Казанскую чудотворную икону Божией Матери и с глубоким молитвенным чувством трижды благословил ею усопшего, низко поклонился ему, облобызал его главу и руки и еще троекратно благословил его своим святительским благословением. За владыкой стали прощаться — духовенство, настоятельница, сестры и народ. Особенно трогательно было прощание сестер. Скорбь о кончине батюшки увеличивалась для них еще скорбью о том, что дорогие останки его похоронены будут не у них, а в Оптиной пустыни. Долго длилось это искреннее слезное последнее целование. Наконец, уже около трех часов пополудни, преосвященный сделал отпуст. Провозглашена была старцу вечная память. На тело почившего о Господе возлит был владыкой крестообразно елей с вином, освященный во время соборования, и посыпана была, по чину Святой Церкви, земля. Затем тотчас же наглухо прибита была гробовая крышка. В три часа все окончилось. Священнослужащие, во главе с владыкой, и прочие гости отправились в покои настоятельницы, а гроб остался на прежнем месте, и опять начались непрерывные панихиды. Народ то и дело подходил к гробу своего любимого батюшки и с глубокими вздохами и поклонами, крестясь, целовал гробовую крышку. Некоторые, наклонившись, прикладывали к ней свои головы. В покоях настоятельницы собравшимся гостям предложена была поминальная трапеза, за которой было человек до 500. На ней присутствовал и преосвященный. Предметом его разговора за обедом был главным образом почивший старец. Заметить при сем должно, что владыке за его участие в похоронах старца весьма благодарны были все, знавшие и чтившие покойного.
Но в то же самое время, как гости подкреплялись предложенной трапезой, произошло одно замечательное событие, которое произвело на всех присутствовавших сильное впечатление. К покойному старцу Амвросию часто езжала благотворительница Шамординской общины, супруга известного московского торгового деятеля Сергея Васильевича Перлова со своей замужней дочерью, у которой не было детей. Эта бездетная дочь ее просила у батюшки совета и благословения взять какого-нибудь ребенка в усыновление. В 1890 году, почти в самую же половину октября, старец сказал ей в ответ на ее желания: «Погодите, через год я сам укажу вам для усыновления ребенка». За обедом приехавшие на похороны старца молодые супруги с горечью вспомнили слова его и пожалели, что кончина батюшки не дала ему исполнить своего обещания. Но еще не успел окончиться обед, как пронесся слух, что у крыльца начальнического корпуса, где гости обедали, нашли подкинутого младенца. Сначала, разумеется, слух этот многим пришелся не по сердцу. Но когда об этом услыхала бездетная дочь г-жи Перловой, она кинулась к малютке и с чувством глубокого умиления воскликнула: «Это батюшка послал мне дочку». И ребенок увезен был ею в Москву.
По окончании трапезы преосвященный пожелал посетить кельи покойного старца. Вошедши в них, он помолился и трижды осенил крестным знамением постель, на которой старец преставился. Затем он долго еще благословлял гостей, сестер и многочисленных богомольцев, толпившихся у крыльца настоятельницы, и уже при наступивших сумерках возвратился в Оптину пустынь.
Не пройдем молчанием и следующего обстоятельства. В начале своей предсмертной болезни старец Амвросий велел одной монахине читать книгу Иова. В ней между прочим сказано, что от смрада ран сего праведника бежала даже его жена. Этим примером, как думается, старец предуказывал на то, что и с ним подобное случится после его кончины. Действительно, от тела покойного вскорости стал ощущаться тяжелый мертвенный запах. Впрочем, об этом обстоятельстве давно еще он прямо говорил своему келейнику отцу Иосифу. На вопрос же последнего, почему так, смиренный старец сказал: «Это мне за то, что в жизни я принял слишком много незаслуженной чести». Но вот дивно, что чем долее стояло в церкви тело почившего, тем менее стал ощущаться мертвенный запах. От множества народа, в продолжение нескольких суток почти не отходившего от гроба, в церкви была нестерпимая жара, которая должна бы была способствовать быстрому и сильному разложению тела, а вышло наоборот. В последний день отпевания старца, по замечанию архимандрита Григория, составителя его жизнеописания, от тела его уже стал ощущаться приятный запах, как бы от свежего меда. И вышеупомянутый игумен Агапит свидетельствует, что на третий день после кончины старца, прикладываясь к его руке, он нарочно втягивал в себя воздух и ощущал, хотя еще немного, запах приятный, именно такой, какой бывает от нетленных телес угодников Божиих.