Возведение православного собора в Бари было связано также с именем известного миссионера, проповедника и новомученика, расстрелянного в 1918 году, – протоиерея Иоанна Восторгова. Благодаря ему удалось приобрести в Бари для Палестинского общества участок земли, на котором впоследствии и были построены храм и дом для паломников из России.
Иоанн Восторгов приехал в Апулию в обстановке почти секретной из-за опасения противодействия как местной администрации, так и католического духовенства. Однако 20 января 1911 года отец Иоанн сообщает об успешной покупке земли. “Да вознесется на дальнем иноверном Западе православный храм с сияющими крестами и куполами!”, – отметил отец Иоанн, вернувшись в Россию.
Проект храма-подворья в традиции северорусского церковного зодчества выполнил знаменитый архитектор Алексей Щусев. Храм был торжественно заложен 22 мая 1913 года. На строительный участок, украшенный государственными флагами России и Италии, прибыли городской глава Бари и президент провинции Апулии (католическое духовенство в церемонии закладки участия не приняло). В фундамент церкви заложили грамоты на русском и итальянском языках и серебряные рубли.
Нижний храм подворья в Бари был построен и освящен спустя год после закладки. Было также завершено строительство просторного дома для паломников. Предполагалось создать в помещениях подворья в Бари первый в истории зарубежный музей русской старины, экспонировать древние иконы, редкие издания, фотографии всех Никольских церквей в России. Однако дальнейшие работы по возведению обширного комплекса русского подворья в центре Бари были заморожены в связи с началом Первой мировой войны.
Гражданская война и начатые советской властью жестокие гонения на Церковь на долгое время пресекли поток русских паломников в Бари, и предназначенные для них помещения оказались в распоряжении городских властей. Из-за отсутствия средств для поддержания церкви в 1937 году все здания храмового комплекса вместе с землёй были переданы русскими эмигрантами – членами Российского палестинского общества – муниципалитету Бари. С тех пор храм лишился практически всего имущества – из нескольких десятков икон старого письма остались немногие единицы, бесследно исчезли ценные подарки, старинная утварь, прекрасная библиотека.Возвращение итальянского храма России
В 1998 году в связи с резко увеличившимся и все возрастающим потоком православных паломников из России и других стран главный храм Русского подворья в Бари и часть дома для паломников были переданы муниципальными властями Бари православным верующим России. А также было открыто Подворье Московского Патриархата.
К 2000 году было практически полностью воссоздано дореволюционное убранство храма, возобновлены регулярные богослужения.
1 марта 2009 года в Бари состоялась церемония передачи России всего комплекса зданий подворья. Президент России Дмитрий Медведев принял от президента Итальянской Республики Джорджо Наполитано символические ключи от подворья Русской Православной Церкви.
Ежегодно в Бари к Святителю Николаю Чудотворцу приезжают тысячи паломников из России. Святые мощи с 1087 года почивают в крипте Базилики Святителя Николая, хранителями которой являются монахи доминиканского ордена Католической Церкви.
Благодаря дружеским взаимоотношениям православной общины храма-подворья Святителя Николая в Бари с настоятелем Базилики, проводятся регулярные православные богослужения на мощах – каждый четверг на них совершается Божественная литургия.
Многие русские богомольцы, обремененные тяжелыми недугами и житейскими невзгодами, получают чудесную помощь прямо у Гробницы Святителя по молитвам Великого Угодника Божия.