Сначала поставили деревянную церковь. Первое упоминание о ней относится к 1625 году: уже в 1697 году выстроили и каменный Никольский храм на месте деревянного.
При нашествии Наполеона храм явил настоящее чудо. Он совсем не горел, тогда как бушевавшее пламя уничтожило все окружавшие его дома Толмачевской слободы, и местные жители стремились укрыться в церкви от дыма и огня.
Более пяти месяцев после вторжения Наполеона в Никольском храме не было богослужений. Он стоял пустым, ибо полностью лишился своего прихода: ни одного дома не уцелело.
Затем храм был перестроен, что заняло более 20 лет. В середине XIX века деньги на перестройку Никольского храма пожертвовала в том числе и Александра Даниловна Третьякова вместе со своими сыновьями Павлом и Сергеем.
Так Павел Михайлович Третьяков стал прихожанином Никольского храма в Толмачах и оставался им до самой смерти (в 1898 году).
Революция была жестока к старому Замоскворечью, как и ко всей России, хотя в первые ее годы Никольский храм еще действовал.
В 1924 году на престольный праздник в Духов день в храм приехал служить литургию святой Патриарх Тихон. Осмотрев после службы церковь, первосвятитель «все нашел прекрасным»
А на Пасху следующего, 1929 года, Никольский храм в Толмачах был закрыт. Это было сделано по требованию коллектива Третьяковской галереи (ГТГ), чтобы включить здание храма в ее состав для расширения экспозиции. Его передали Третьяковской галерее под запасник-хранилище. И он уцелел, хотя был перестроен до неузнаваемости: главы разобраны, верх колокольни разрушен, колокола разбиты на куски, внутреннее пространство разделено на этажи, иконостас уничтожен, а многие иконы переданы в галерею.Пристанище величайшей российской святыни
Долго храм стоял пустым и обезображенным. И лишь в 1983 году, когда Третьяковку готовили к капитальной реставрации, решили восстановить и его здание, чтобы открыть в нем концертный зал. К 1990 году были восстановлены главы и колокольня.
Храм был открыт для богослужения в 1993 году, после того как по особому соглашению между Патриархией и дирекцией ГТГ он получил статус домового храма Третьяковской галереи и стал приходским для всех ее сотрудников.
8 сентября 1996 года, в праздник Владимирской иконы Богоматери, Святейший Патриарх Алексий II освятил главный престол восстановленного храма. Освящение было приурочено к этому великому празднику потому, что Владимирская икона хранилась в галерее.
Полная реставрация храма, проводимая на средства Третьяковской галереи и прихожан, завершилась в 1997 году. Все возможное было воссоздано в прежнем виде, а Третьяковская галерея в свою очередь выделила храму иконы из своих фондов.
В сентябре 1999 года, на праздник Сретения Владимирской иконы, величайшая святыня России – Владимирская икона Божией Матери была поставлена в домовом Никольском храме Государственной Третьяковской галереи. По преданию, ее написал святой евангелист Лука на доске обеденного стола, за которым состоялась трапеза Спасителя, Богоматери и праведного Иосифа. Пресвятая Богородица, увидев этот образ, молвила: «Благодать Родившегося от Меня и Моя с этой иконой да будет».
Для Владимирской иконы на заводе Минатома РФ изготовили особый пуленепробиваемый киот с поддерживаемой внутри необходимой температурой.
Морской собор во имя святителя Николая Чудотворца (Кронштадт)
В честь 200-летия Российского флота по указу императора Николая II 1 сентября 1902 года в городе-крепости Кронштадт был заложен Морской собор с тремя престолами – во имя святителя Николая Чудотворца, святых апостолов Петра и Павла и преподобного Иоанна Рыльского. Молебен на строительство храма совершил святой праведный Иоанн Кронштадтский.