В августе 2000 года на дальней пустыньке преподобного Серафима была воздвигнута и освящена часовня-алтарь с навесом для молящихся.
В ноябре 2002 года Церкви был возвращен храм преподобного Серафима, который, после полного восстановления, был освящен Святейшим Патриархом Алексием в дни празднования 100-летия прославления преподобного Серафима Саровского в лике святых (1 августа 2003 года).
17 июля 2006 года Священный Синод Русской Православной Церкви благословил возобновление Свято-Успенской Саровской пустыни. Первым наместником обители был назначен игумен Варнава (Баранов), впоследствии переведенный во Флорищеву пустынь.
30 июля того же года Святейший Патриарх Алексий освятил восстановленный храм Иоанна Предтечи.
В 2007-2009 годах наместником возрожденной обители был иеромонах Андроник (Могилатов). При нем была собрана небольшая братия — около десяти человек.
27 июля 2009 года наместником Саровской обители был назначен архимандрит Кирилл (Покровский).
Храмы и другие сооружения Саровской обители
Здание собора после закрытия монастыря в 1927 году просуществовало до 1951 года. В советское время этот памятник зодчества был взорван. В 1991 году на месте храма членами исторического объединения «Саровская пустынь» был установлен памятный камень, а в 2002 — крест с лампадой. В 2004 году началось восстановление часовни, построенной в конце XIX века над могилой преподобного Серафима.
В 1953 году здание было разрушено. В наши дни на его месте установлены камень и поклонный крест с лампадой.
После закрытия монастыря церковь была разрушена. В 1950-е годы на ее месте было построено трехэтажное здание.
Эта церковь построена не на горе, как остальные саровские храмы, а под горой. Основанием храма служат своды, под которыми находился источник первоначальника Иоанна с чистой родниковой водой. Родник был сильный, вода в нем как бы кипела. Из источника вытекал ручей, бегущий в Сатис.
Первое здание, стоящее на источнике, было построено в 1752 году. В 1821-1826 годах церковь перестраивается на средства астраханского рыбопромышленника Федорова, получившего в Саровской пустыни исцеление от недугов. Строился храм в стиле зрелого классицизма. Стены были украшены росписями. Ныне храм полностью восстановлен.
Заложили эту постройку по проекту архитектора А. С. Каменского в 1897 году еще до канонизации Серафима Саровского. Первоначально собор строился в честь Пресвятой Троицы. Его возводили над кельей, где старец жил последние годы. Поэтому у храма было и другое название — «храм над кельей Серафима Саровского». Освящен он был в ходе саровских торжеств 1903 года, когда Серафим Саровский был причислен к лику святых. Это первый храм преподобного Серафима в России и в мире.
В храме был установлен простой иконостас. Келия преподобного Серафима, как дорогое сокровище, находилась внутри храма. Ее можно было обойти кругом и зайти внутрь. В ней хранились вещи преподобного. Со временем келью украсили росписью и сделали над ней главу с крестом. Она стала походить на часовню.
К храму Серафима Саровского примыкает здание монастырской трапезной, которую построили в 1828 году. Пологий купол большого светлого зала трапезной украшен росписью на евангельскую тему о насыщении народа пятью хлебами.
Кладбищенскую церковь Всех Святых, предназначенную для отпевания монахов и паломников, выстроили в 1832-1834 годах в классическом стиле. Церковь с кладбищем была окружена арочной каменной оградой.
Уникальность церкви в том, что ее купол — единственное место, где сохранилась живопись монастырских времен. Роспись выполнена в классической манере и выдержана в монохромной серо-голубой гамме.
Первоначальные исследования показали, что роспись принадлежит арзамасской школе академика А. В. Ступина. Специалисты не знают аналогов этой росписи по сюжету и композиции ни в России, ни за ее пределами. Здесь изображен один из эпизодов Апокалипсиса — перед сидящим на престоле Вседержителем Агнец открывает книгу за семью печатями.
В советское время здание храма использовалось под ресторан, затем под хозяйственный магазин. В 1992 году храм был возвращен православной общине и вновь освящен.
Это самое древнее сооружение в Сарове. Возникновение пещер с галереями, кельями и подземной церковью относится к самым ранним годам существования Саровского монастыря. С благоговением и некоторым страхом богомольцы спускались в эти жилища первых поселенцев обители. При колеблющемся свете пучка свеч в руке монаха-проводника посетители осматривали подземные кельи отшельников, куда удалялись монахи, желавшие более строгого уединения. Келии напоминают затворы киевских пещер.