27 мая стало ясно, что военнослужащие уже вернулись в части, но предложение литовской стороны о совместном допросе для ускорения расследования было отклонено советской стороной под предлогом истощения обоих военнослужащих127
. Любопытно, что при обсуждении этой проблемы все время назывались новые фамилии красноармейцев. Не исключено, что советская сторона не имела четкого учета военнослужащих. Интересно отметить, что красноармейцы действительно пропадали из расположенных в Литве частей. 30 мая 1940 г. в газете «Известия» было опубликовано «Сообщение НКИД о провокационных действиях литовских властей», в котором перечислялись случаи исчезновения красноармейцев из расположенных в Литве частей, и вся ответственность за это возлагалась на литовскую сторону. 1 июня литовский посланник в Москве вновь пытался склонить советскую сторону к тщательному расследованию этих обвинений, но Молотов опять не поддержал эту идею. Советское полпредство в Литве 2–3 июня обращало внимание Москвы на стремление литовского правительства «предаться в руки Германии», активизацию «деятельности пятой германской колонны и вооружение членов союза стрелков», подготовку к мобилизации. Все это разоблачает «подлинные намерения литовских правящих кругов», которые в случае урегулирования конфликта лишь усилят «свою линию против договора, перейдя к “деловому” сговору с Германией, выжидая только удобный момент для прямого удара по советским гарнизонам»128.По мере развития дипломатического конфликта начались и прямые советские военные приготовления. К лету 1940 г. в Прибалтике размещались следующие советские войска. В Эстонии находилось управление 65-го особого стрелкового корпуса, 123-й отдельный батальон связи, 11-й корпусной зенитный артдивизион, 16-я стрелковая дивизия, 18-я легкая танковая бригада, 5-й мотомеханизированный отряд, 414-й, 415-й автотранспортные батальоны. Особая группа ВВС в составе 35-го, 52-го среднебомбардировочных, 7-го, 53-го дальнебомбардировочных, 15-го, 38-го истребительных авиаполков и другие части. В Латвии были развернуты управление 2-го отдельного стрелкового корпуса, 10-й отдельный батальон связи, 86-й корпусной зенитный артдивизион, 67-я стрелковая дивизия, 6-я легкая танковая бригада, 10-й танковый полк, 18-я авиабригада в составе 31-го среднебомбардировочного, 21-го и 148-го истребительных авиаполков, 640-й автотранспортный батальон и другие части. В Литве располагались управление 16-го отдельного стрелкового корпуса, 46-я отдельная рота связи, 19-й корпусной зенитный артдивизион, 5-я стрелковая дивизия, 2-я легкая танковая бригада, 54-й среднебомбардировочный и 10-й истребительный отдельные авиаполки, 641-й автотранспортный батальон и другие части. Всего войска насчитывали 66 946 человек, 1630 орудий и минометов, 1065 танков, 150 бронемашин, 5579 автомашин и 526 самолетов129
.Согласно приказу наркома обороны № 0028 от 3 июня 1940 г., войска, размещенные на территории Прибалтики, с 5 июня исключались из состава ЛВО, КалВО и БОВО и переходили в непосредственное подчинение наркома обороны через его заместителя командарма 2 ранга А. Локтионова. В тот же день был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР, согласно которому «в связи со сложной международной обстановкой» предписывалось «задержать в рядах Красной Армии красноармейцев 3-го года службы до 1 января 1941 г.» и «до особого распоряжения призванный… командный и начальствующий состав запаса». 4–7 июня 1940 г. войска ЛВО, КалВО и БОВО были подняты по тревоге и начали под видом учений сосредоточение к границам прибалтийских государств, одновременно в состояние боевой готовности были приведены советские гарнизоны в Прибалтике. 8 июня Локтионов получил приказ подготовить дислоцированные там советские авиачасти к возможным боевым действиям, усилить охрану аэродромов и подготовить их к обороне и приему посадочных десантов. Авиаполки должны были быть готовы к действиям по аэродромам и войскам противника и к перегруппировке на более защищенные советскими войсками аэродромы130
.