Вечером 8 июня в г. Лиде состоялось секретное совещание командного состава поднятых по тревоге войск БОВО, на котором заместитель командующего войсками округа генерал-лейтенант Ф. Кузнецов (он же командующий 11-й армией) информировал собравшихся о «возможных действиях против Литвы». Там же 11 июня с 13 до 16 часов проходило новое совещание с участием накануне вступившего в командование войсками БОВО генерал-полковника Д. Павлова, изложившего план боевых действий и задачи войск, которые должны были нанести стремительное поражение литовской армии, не допустить ее отхода в Восточную Пруссию и за 3–4 дня занять Литву. Согласно боевому приказу № 002/оп от 12 июня войска 11-й армии совместно с частями особого 16-го стрелкового корпуса должны были окружить и уничтожить противника в районе Каунаса. Расквартированному в Литве особому 16-му стрелковому корпусу ставилась задача удержать районы своей дислокации, захватить основные мосты на реках Неман и Нярис и обеспечить высадку 214-й воздушно-десантной бригады в 5 км южнее железнодорожной станции Гайжуны, где предполагалось десантировать 935 человек. Совместно с частями 16-го стрелкового корпуса десантники должны были захватить основные объекты Каунаса, на аэродром которого было бы переброшено еще 475 десантников. Подготовку операции предполагалось завершить к утру 15 июня. 13 июня войсками была получена директива Политуправления РККА, которая должна была обеспечить политическое обоснование планируемых действий.
«Наша задача ясна, – говорилось в директиве. – Мы хотим обеспечить безопасность СССР, закрыть с моря на крепкий замок подступы к Ленинграду, нашим северо-западным границам. Через головы правящей в Эстонии, Латвии и Литве антинародной клики мы выполним наши исторические задачи и заодно поможем трудовому народу этих стран освободиться от эксплуататорской шайки капиталистов и помещиков»131
. Подготовлены были и лагеря НКВД для более 60 тысяч военнопленных132. Постановление Политбюро ЦК ВКП(б), принятое13 июня, то есть за день до предъявления ультиматума правительству Литвы, в связи с «особыми мероприятиями» санкционировало создание широкой сети военных госпиталей, эвакопунктов, санитарных поездов, готовых к приему около 24 тысяч раненых133
. 13 июня для подготовки места десантирования была выброшена парашютная группа в 7 человек, а с 21.3014 июня радиостанции дислоцированных в Прибалтике советских войск должны были работать только на прием, ожидая условного сигнала о начале операции134
.У юго-восточных границ Литвы и Латвии сосредоточивалась 3-я армия в составе 4-го, 24-го стрелковых и 3-го кавалерийского корпусов, управление которой из Молодечно 10 июня передислоцировалось в Поставы. 11-я армия, управление которой находилось в Лиде, состояла из 10-го, 11-го стрелковых и 6-го кавалерийского корпусов и развертывалась на южной границе Литвы. Войска ЛВО и КалВО, выделенные для операции, развертывались у восточных границ Эстонии и Латвии. Между Финским заливом и Чудским озером сосредоточились части 11-й стрелковой дивизии. Южнее Псковского озера были развернуты войска 8-й армии (управление в Пскове) в составе 1-го, 19-го стрелковых корпусов и Особого стрелкового корпуса из состава войск КалВО. Для усиления войск указанных округов с 8 июня началась переброска частей 1-й мотострелковой, 17-й, 84-й стрелковых дивизий и 39-й, 55-й легких танковых бригад из Московского, 128-й мотострелковой дивизии из Архангельского и 55-й стрелковой дивизии из Орловского военных округов. На границах Литвы войска завершили сосредоточение и развертывание в исходных районах к 15 июня, а на границах Латвии и Эстонии – к 16 июня. Всего для проведения Прибалтийской кампании было выделено 3 армии, 7 стрелковых и 2 кавалерийских корпуса, 20 стрелковых, 2 мотострелковые, 4 кавалерийские дивизии, 9 танковых и 1 воздушно-десантная бригады. Кроме того, войска НКВД выделили для операции один оперативный полк и 105-й, 106-й, 107-й погранотряды, сосредоточенные в Гродно135
.