Ливонская война сопровождалась разрушениями хозяйства в Ливонии и гибелью местного населения. Латвия была опустошена. Следствием военных действий на территории Эстонии с середины XVI века, голода 1601 – 1602 годов и связанных с ним эпидемий стало сокращение населения страны на 65%. До начала Ливонской войны население Эстонии составляло 250 – 280 тысяч человек, в 1625 году – около 100 тысяч.
Шведская Прибалтика была разделена на Эстляндскую (Северная Эстония) и Лифляндскую (Южная Эстония и Северная Латвия) губернии. С 1645 года остров Сааремаа также перешел к Швеции. Шведские провинции Прибалтики использовались прежде всего для производства зерна. 80% валовой стоимости экспорта Эстляндии составлял хлеб. Впрочем, немалую роль играл и транзит товаров из России в Западную Европу и обратно.
Торговля зерном приносила немалые прибыли не только Швеции, но и верхам в ее прибалтийских провинциях. Города Прибалтики богатели и развивались. В XVII веке в Эстляндии появились зачатки мануфактурного производства (стеклоделательное предприятие в Хюти на острове Хийумаа в 1628 году, лесопильная мануфактура для обработки меди в Нарве в 1650 году, бумажная мельница в Таллине в 1664 году и т.д.).
Налицо были и признаки развития культурной жизни. В 1632 году был основан университет в Дерпте (Тарту). (Правда, среди его студентов преобладали выходцы из семей остзейских баронов.) В 1684 – 88 годах близ Дерпта существовала учительская семинария, а в 80-е годы были созданы первые сельские школы. В 1689 году стала публиковаться первая газета в Эстляндии (Правда, на немецком языке).
В ХХ веке на эти факты стали ссылаться, говоря о "благодетельности" пребывания Прибалтики под властью шведов. На деле неоспоримые свидетельства прогресса были следствием усиленной эксплуатации крестьянства Эстонии и Латвии в годы шведского владычества. Чтобы обеспечить высокую производительность сельского хозяйства в сельском хозяйстве был установлен жестокий крепостнический режим. Как отмечалось в пятом томе "Всемирной истории" (М., 1958), "шведский гнет тяжело ложился на плечи местного трудящегося населения, особенно крестьянства. Повышенные по сравнению с собственно Швецией, государственные налоги, постоянные реквизиции сельскохозяйственных продуктов и скота (особенно во время частых войн в районе самих балтийских провинций), разнообразные извозные повинности, а самое главное, увеличение барщины и ухудшение юридического положения крестьянства характеризуют наиболее ярко этот период шведского господства в Прибалтике. Правительство тщательно сохраняло и поддерживало права и привилегии местного остзейского дворянства, являвшегося здесь господствующим классом… Законом от 1 февраля 1632 года о земских судах санкционировалось крепостное право в Лифляндии и утверждалась полицейская власть помещика с правом "домашнего наказания" непослушных крестьян… Крепостной считался полной собственностью помещика, который мог своих крестьян отчуждать или предоставлять кредитору в счет погашения долгов и процентов по ним".
Шведские власти постоянно увеличивали наделы своих дворян. К 1680 году в Лифляндии государству принадлежало около 1% земли, шведскому дворянству – около 58% и немецкому дворянству – около 35%. По мере того, как государственные земли переходили к дворянам в виде пожалований, положение крестьян ухудшалось. Как сказано во "Всемирной истории", "крестьянские земельные наделы в Прибалтике систематически сокращались, вследствие увеличения барской запашки, вызванного ростом хлебного экспорта. Уже по переписи 1638 года, не менее 22% всех крестьян являлись батраками, оставшимися без земли или имевшими лишь небольшое подсобное хозяйство. Беднейшее крестьянство, даже если оно и вело свое полевое хозяйство, находилось в весьма тяжелых условиях, прежде всего из-за недостатка рабочего скота. Волы и лошади имелись только у состоятельных крестьян. Крестьянин-бедняк нередко вынужден был сам впрягаться в соху вместе с женой и таким образом обрабатывать свой жалкий участок. Многие крестьяне не имели коров и вместо них содержали коз. Барщина на помещика считалась "нормированной" определенным количеством дней в году; фактически же помещик мог требовать и дополнительной барщины под видом "помочей" и т.п.".
Как отмечали авторы "Всемирной истории", "от тяжкой барщины и растущих государственных налогов крестьяне искали спасения в бегстве, и вопрос о бегстве крестьян и мерах борьбы с ним составлял предмет постоянных забот ландтагов (съезды дворян по губерниям), ландратов (выборные от дворянства), различных земских судов и генерал-губернатора. Крестьяне спасались бегством в Ригу, Ревель (Таллин) и другие города, а также в Польшу, Литву, Курляндию и Россию. Шведское правительство в ответ на жалобы местных баронов неоднократно предъявляло этим государствам требования о выдаче таких перебежчиков".