Господствующим типом растительности на изучаемой территории являются таежные леса на дерново-таежных и дерновых лесных почвах. В поймах рек и понижениях хорошо выражена луговая и лугово-болотная растительность. Степи встречаются на склонах южной и юго-западной экспозиций. Степи Тункинской котловины не поднимаются высоко в горы. Лишь единичные участки остепненных ландшафтов могут быть найдены в пределах подгольцового пояса. По мнению Л. И. Малышева [1965], они оказались здесь реликтами растительного покрова, существовавшими в эпоху ксеротермического максимума. Местами распространения таких ландшафтов являются крутые известняковые склоны, отличающиеся повышенной аридностью климата.
Если рассматривать ландшафты отдельных котловин, слагающих Тункинскую ветвь, можно заметить, что Мондинская котловина выделяется на их общем фоне. Растительность ее сходна с растительностью Северной Монголии (Дархатской и Хубсугульской котловинами) и представлена светлохвойными лиственничными лесами на дерново-таежных, дерновых лесных грубогумусных (сухоторфянистых) почвах. Нередко встречаются березово-лиственничные разнотравные и злаково-разнотравные леса на дерновых лесных почвах. По долинам рек в состав древостоя изредка входит ель обыкновенная, образуя елово-лиственничные леса с подлеском из кустарников (караганы, красной и черной смородины) на аллювиальных дерново(торфянисто) – перегнойных почвах. Травяной покров разрежен, зато обильно разрастаются мхи (проективное покрытие 60–70 %). Таким примером может быть район рек Хурумы и Хулугаймы. По их берегам на аллювиальных дерновых почвах формируются заросли из тополя душистого, отдельные экземпляры которого достигают более 50 см в диаметре и 20 м высоты. Небольшие участки западных склонов с дерновыми лесными почвами заняты осинниками.
Степные ландшафты в этой котловине нередко распространены на юго-западных склонах, где сформированы маломощные черноземы, каштановые, дерново (перегнойно) – карбонатные почвы, а растительность представлена злаково-полынными и ленско-типчаковыми ассоциациями с общим проективным покрытием не более 60 %. Выше верхней границы леса находятся большие поля каменистых россыпей и осыпей. Восточнее Харадабанской межгорной перемычки, разделяющей Мондинскую и Туранскую котловины, начинается постепенная смена растительности. В составе древостоя появляется кедр, усиливается влияние березы, произрастающей на подбурах, горных лесных темноцветных почвах, однако на северных склонах на горных мерзлотно-таежных почвах по– прежнему преобладает лиственница сибирская. В Туранской котловине доминируют сосняки с примесью березы, ели, кедра. Узкой полосой на надпойменной террасе Иркута тянутся березово-еловые леса – разнотравные на аллювиальных дерново-перегнойных почвах, где при достаточном увлажнении широко разрастается травянистая растительность, среди которой нередко встречается марьин корень.
Растительность Хойтогольской котловины представляет собой сложное сочетание лесных, степных и интразональных ценозов, а также агроценозов, в настоящее время заброшенных, со следами восстановительных сукцессий. Довольно широкое распространение имеют прирусловые интразональные леса в пойме р. Ихе-Ухгунь, состоящие из ельников зеленомошно-хвощевых с участием лиственницы на аллювиальных торфянисто-перегнойных почвах. На террасах высотой 4–5 м, где почва менее увлажнена, встречаются елово-березовые и сосново-березовые разнотравные леса на аллювиальных дерново (торфянисто) – перегнойных почвах. На возвышенных плоских элементах рельефа и в нижних сухих частях склонов, сложенных супесчаными дерновыми лесными почвами, встречаются сосняки рододендровые и кострецовые (г. Хайрхан).
Окрестности пос. Хойтогол представляют собой безлесное пространство между р. Ихе-Ухгунь и ее левым притоком Булнай, типичная растительность здесь – безжилково-осоковые луга и злаково-осоковые болота на луговых и лугово-болотных почвах, закочкаренные, со следами сильного антропогенного воздействия. В недалеком прошлом возле поселка находились колхозные пашни, ныне заброшенные и зарастающие. По восстанавливающейся растительности можно судить, что первая стадия зарастания сорными видами сменилась на стадию восстановления луговой растительности, которая, судя по сосновому подросту и кустарникам, через несколько лет сменится сосновым лесом, что не удивительно, так как вокруг преобладают разнотравные сосновые леса.