С такой обширной трансграничной географией р. Тес-Хем (Тесийн– Гол) представляет особый интерес с точки зрения трансэкологического мониторинга. К сожалению, работы по мониторингу качественного состава воды при входе реки на территорию Тувы и выходе в Монголию тувинскими учеными не проводились; нет сведений о подобных замерах и на монгольской стороне. Тем не менее такие исследования целесообразны. Очевидно, особую актуальность они приобретут, когда на приграничных территориях Тувы и Монголии начнется промышленное освоение месторождений. Пока же на тувинской части реки нет крупных промышленных производств, а вода используется местными жителями для орошения земельных угодий, водопоя скота и личных бытовых нужд.
Большинство рек приграничных кожуунов берут начало в горах Тувы, а впадают в оз. Убсу-Нур или другие озера уже на территории Монголии, поэтому одна и та же река нередко имеет как тувинское, так и монгольское название. Так, р. Моген-Бурен (Монгун-Тайгинский кожуун) впадает в монгольское озеро Ачит-Нур и называется здесь Бухе-Мурен; р. Саглы Овюрского кожууна в Монголии называется Сагил-Гол, р. Хандагайты – Хандгайты-Гол.
Самой крупной рекой Тере-Хольского кожууна, территория которого относится к Енисейскому водному бассейну, является Балыктыг– Хем, берущий начало на территории Эрзинского кожууна с северных склонов нагорья Сенгилен. От слияния рек Балыктыг-Хем и Кызыл-Хем образуется р. Ка-Хем (Малый Енисей), которая, в свою очередь, при слиянии с Бий-Хемом (Большим Енисеем) образует Улуг-Хем (Верхний Енисей).
На приграничной территории Тувы имеется множество озер, наиболее крупным из которых является оз. Убсу-Нур. Это бессточное озеро с площадью зеркала воды более 3300 км2
. Туве (Овюрскому кожууну) принадлежит лишь незначительная часть озера с интенсивно заболоченным берегом, что затрудняет организацию здесь рекреационной зоны.Еще одно трансграничное озеро – Тере-Холь – находится в Эрзинском кожууне. Это бессточное пресное озеро с площадью зеркала 68,8 км2
. Благодаря прекрасной береговой линии, песчаным пляжам и пресной теплой воде озеро стало одним из самых излюбленных мест отдыха жителей и гостей республики. В этом кожууне известно также несколько мелких озер с очень высокой концентрацией солей, таких как Дус-Холь и Бай-Холь.Наиболее крупное озеро Тере-Хольского кожууна Тере-Холь стало знаменитым в последние годы благодаря проводимым на его островах археологическим раскопкам древнеуйгурской крепости Пор-Бажын (Глиняный дом). Озеро пресное, сточное с площадью зеркала воды 39,1 км2
. Берега озера заболочены, дно илистое, что делает его малопригодным для активного отдыха.Высокогорное (абсолютная отметка зеркала воды 2305 м над уровнем моря) сточное оз. Хиндиктиг-Холь, с площадью 62,7 км2
находится в Монгун-Тайгинском кожууне, имеет рыбохозяйственное значение.Тува в целом и приграничные кожууны в частности славятся большим количеством аржанов (природных минеральных источников), многие из которых обладают бальнеологическими (лечебными) свойствами. Так, термальный источник Тарыс (Тере-Хольский кожуун) имеет 18 выходов на поверхность, температура воды от 22 до 45 °C, воды азотные, содержащие растворенный сероводород и лечебную концентрацию кремнекислоты [Аракчаа, 1995, с. 3–4].
К пресным аржанам Монгун-Тайгинского кожууна относится источник Ала-Тайга с температурой воды 6,5 °C гидрокорбонатным магниево-кальциевым макрохимическим составом и общей минерализацией 0,14 г/л [Там же, с. 10]. Аспаты – это ультрапресный источник с минерализацией менее 0,1 г/л, с температурой воды 1,5 °C, гидрокарбонатный магниево-кальциевый.
Аржаны Овюрского кожууна: Ангырактыг – с температурой воды 6 °C, минерализацией 0,25 г/л, гидрокарбонатный магниево-натриевый с содержанием радона примерно 20 эман; Талдыг-Чарык – с температурой 3,5 °C, минерализацией 0,40 г/л, сульфатно-гидрокарбонатный магниево-кальциевый; Улаатай – холодный, минерализованный, радоновый.
Аржан Ак-Хайыракан (Эрзинский кожуун) имеет три выхода на поверхность, температура воды 6-10 °C, минерализация 0,5–0,6 г/л, сульфатно-гидрокарбонатный кальциевый, содержание радона не превышает естественный фон.
В целом в каждом кожууне насчитывается, как минимум, два-три известных источника, которые могут стать основой для развития санаторно-курортного лечения и отдыха в приграничных районах.
Состояние воздушного бассейна в приграничных районах оценивается как благополучное. Единственными источниками загрязнения атмосферы здесь являются административные центры кожуунов и небольшие населенные пункты.