И вот тут новоиспеченный миллионер меняет занятие. Он всецело погружается в изучение северных приморских окраин России, мечтает изучить пути сообщения между Европой и Азией. Его манит русский Север! Теперь он сам организует экспедиции и отправляет изыскательские партии. Хочет понять, есть ли возможность удешевить доставку товаров через северные морские пути и можно ли здесь завести устойчивую промышленность, начать новые виды деятельности. Так, в 1859 году один из отрядов Сидорова открыл на берегах рек Курейка и Нижняя Тунгуска отличные запасы графита. Спустя два года здесь был запущен первый графитовый рудник.
Сидоровские экспедиции в Туруханский край дали месторождения каменного угля, квасцов (каменного масла), железных и медных руд, нашли мамонтовую кость, янтарную смолу и многое другое.
Многие годы Михаил Сидоров посвятил Печорскому краю. Здесь русский промышленник опередил иностранцев, стремившихся на восток России. Именно Сидорову принадлежит учреждение пароходства на самой Печоре, строительство порта. Он занялся судостроением и лесом, организовал шкиперское училище. Он стал добывать в этом районе нефть…
Убедившись, что заходить в сибирские реки из северных морей возможно, Сидоров в 1859 году в специальной записке красноярскому генерал-губернатору излагает план отправки грузов из Енисея в Европу и наоборот. Он утверждает, что развитие судоходства от Байкала до Петербурга позволит уменьшить расходы по перевозке грузов в пять раз, будет способствовать оживлению морского промысла, развитию и процветанию сибирских земель.
А дальше случилось вот что: красноярский начальник края отписывает в столицу предложения сибирского промышленника Сидорова, но большого энтузиазма в правительственных кругах оно не встретило. Поездка самого Сидорова в Петербург к вице-председателю Русского географического общества – знаменитому мореплавателю Ф.П. Литке – тоже закончилась безрезультатно. А предлагал Сидоров учредить премию в 14 тысяч рублей для русских моряков, которые рискнут морем достичь устья Енисея. Странно, что Литке отказал. Правда или нет, но говорят, будто Литке считал, что таких смельчаков в России нет, и предложил обратиться в Англию, где северным путям уделялось огромное внимание.
Тогда Сидоров объявляет во всеуслышание, что премирует любого капитана, который приведет корабль к устью Енисея. И такой мореплаватель нашёлся. Это был Павел Крузенштерн, сын знаменитого путешественника адмирала Ивана Крузенштерна.
Крузенштерн-младший в 1862 году отправляется в экспедицию, но его шхуна, увы, гибнет в Карском море. Сам капитан и его экипаж, к счастью, благополучно достигают полуострова Ямал.