Дальнейший переход «Ойгена» в Германию прошел без помех. Вечером 18 мая крейсер прибыл в Киль, а на следующий день формально был включен в состав учебной эскадры. На деле на корабле начался основательный ремонт: с него сгрузили на берег боезапас и при помощи мощного плавучего крана сняли 105-мм зенитные установки, после чего перевели в сухой док компании «Дойче Верке». За трехмесячный ремонт «Принц» сменил командира: место повышенного в чине Бринкманна занял капитан цур зее Ганс-Эрих Фосс. В августе крейсер вывели из дока, но только для того, чтобы сменить завод — его отправили для дальнейшего переоборудования на верфь «Германия». Спустя еще 2 месяца он вернулся на завод «Дойче Верке» для завершения работ. Для восстановления корабля была использована значительная часть оборудования, снятого с однотипного «Зейдлица», находящегося на вялотекущем переоборудовании в авианосец. Недостаток рабочих и постоянные авианалеты значительно замедляли процесс вступления в строй. Хотя в «Ойген» не попала ни одна бомба, его экипаж понес значительные потери, когда один из катеров крейсера был протаранен патрульным кораблем в гавани Киля. Холодная октябрьская вода унесла жизни 33 моряков. Только 20 октября вновь началась погрузка боезапаса, а неделю спустя полугодичный ремонт завершился. Предполагалось, что он немедленно проследует в Норвегию вместе с линкором «Шарнхорст», также отремонтированным и готовым к службе. Монотонность ремонта и портовой службы нарушила лишь проведенная 21 ноября церемония, в ходе которой с большой помпой на борт был водружен корабельный колокол, стоявший в годы 1-й мировой войны на австро-венгерском дредноуте «Тегетгофф», однотипном с давшим имя крейсеру «Принцем Ойгеном». Его доставил из Италии контр-адмирал де Анджелис; также в церемонии участвовал контр-адмирал в отставке граф Фирмиан — последний командир австро-венгерского дредноута «Принц Ойген».
9 января 1943 года началась операция «Фронтхитер»: оба тяжелых корабля с эскортом из 3 эсминцев и большого числа мелких боевых судов двинулись в путь из Готенхафена; командующий отрядом, контр-адмирал Шнивинд, находился на борту «Ойгена». Однако в это время спокойствия немцам не было даже в своих водах. Уже при проходе датскими проливами воздушная разведка англичан обнаружила отряд, несмотря на наличие воздушного прикрытия. Служба радиоперехвата расшифровала сообщение разведчика, и контр-адмирал Шнивинд приказал «Ойгену» вернуться в Готенхафен. Командир крейсера счел распоряжение неверным, но подчинился приказу, и 12 января его корабль вернулся в порт. Спустя несколько дней командование группы «Север» вновь попыталось усилить свой корабельный состав в ходе операции «Домино»: 23 января линкор и крейсер опять вышли в море в сопровождении 2 эсминцев, но только для того, чтобы вернуться из почти той же точки, что двумя неделями раньше. 27 января тяжелый крейсер вернулся в Готенхафен.
Этот выход стал последней попыткой «Принца» участвовать в океанских боевых действиях. Сказались, в частности, и первые последствия «новогоднего сражения». В результате «Шарнхорст» 8 марта ушел в Норвегию один, навстречу гибели в полярной ночи, а вот для «Ойгена» рейдерская служба завершилась. За два с половиной года войны ему так и не удалось потопить ни одного транспорта или боевого корабля противника.