Лорд Берли если и был обманут, то только наполовину. Его шпионы во Фландрии уже донесли ему о ведущейся подготовке к какому-то заговору. Кроме того, министр был поражен наглым тоном, в каком было выдержано сочинение Лесли в защиту притязаний Марии Стюарт. Более того, в трактате Лесли содержались недвусмысленные намеки, что пленная королева займет не только шотландский, но и английский престол, причем не в качестве наследницы Елизаветы (как заявляла сама Мария), а взамен нее. Но Сесил ничем не выдал своих подозрений, предпочитая, чтобы до времени его считали одураченным.
Главным козырем министра было то, что под арестом находился, видимо, немало знавший Байи. Настойчивость, с которой епископ Лесли стремился добиться освобождения фламандца как служащего шотландского посольства, лишь укрепила Сесила в уверенности, что у Байи находится ключ к тайне. Посланцы от Лесли, которые пытались проникнуть к Байи, содержавшемуся в лондонской тюрьме Маршалси, перехватывались сторожами.
Байи не знал, какой линии ему держаться на предстоящих допросах. Однажды ночью в темную сырую камеру, где на вязанке соломы лежал он, тщетно пытаясь заснуть, был помещен новый заключенный. Фламандец с радостью узнал в нем своего знакомого, Уильяма Герли, высокочтимого среди католиков за бесстрашную защиту истинной веры. Единственно, чего не знал фламандец в биографии своего уважаемого друга, принимавшегося арестованными католиками за несчастного страдальца, с которого ни днем, ни ночью не снимали тяжелые цепи, — это то, что он уже не первый год состоял в штатах английской секретной службы, подвизаясь в последнее время преимущественно в роли тюремного шпиона и провокатора. Лорд Берли характеризовал его как «джентльмена, обладающего высокими достоинствами, мудростью и образованием, большим опытом… Он хорошо известен Ее Величеству, которая благосклонно относится к нему». Письма Герли действительно свидетельствуют, что он получил основательное образование. По его утверждению, он хорошо знал несколько иностранных языков. Впоследствии он пошел в гору, его стали посылать за границу как дипломата. Герли внушал всем, что у него были родственные связи с лордом Нортумберлендом, одним из вождей английских католиков, хотя возможно, что это было частью легенды, придуманной шпионом для пользы службы. Известно также, что он в прошлом неоднократно преследовался властями, только не за верность католической вере, а за различные уголовные преступления, включая даже занятие пиратством без разрешения правительства.
Завоевав доверие Байи, Герли сумел также обвести вокруг пальца и посланца епископа Лесли. Через Герли шотландскому послу удалось наладить, наконец, переписку с Байи, которая предварительно' прочитывалась в ведомстве лорда Берли. Однако однажды Герли проговорился, назвав участников недавнего католического восстания «мятежниками», как их именовали в правительственных заявлениях и он сам в тайных доносах начальству. Байи понял, что перед ним — вражеский агент. Тогда Байи доставили к Берли, который потребовал от него расшифровать переписку. Байи сослался на то, что потерял ключ к шифру. Фламандца перевели в Тауэр, где подвергли пытке, впрочем, не очень суровой, по понятиям того жестокого времени. Берли по-прежнему не считал пытку наилучшим средством добыть у фламандца нужные сведения.
Было решено повторить трюк с Герли. В камеру фламандца подсадили другого правительственного агента, под именем доктора богословия Стори, призывавшего в своих сочинениях к убийству Елизаветы. Роль Стори сыграл некий Паркер, похитивший богослова в Нидерландах и доставивший в Англию, а может быть, тот же Герли! Свет проникал в казематы Тауэра очень слабо, и Байи мог не узнать своего недавнего приятеля. Мнимый доктор насоветовал Байи, который со страхом ожидал новой пытки, выразить готовность перейти на службу к лорду Берли, сообщив ему ключ к шифру, который и так уже (это стало известно Стори от надежных людей) сумел узнать секрет, и, таким образом, не только избавиться от жесточайших мучений, но еще и послужить католической вере. Байи так и поступил и, лишь когда его предложение услуг было с пренебрежением отвергнуто, понял, что с головой выдал своих доверителей. Но Байи уже не представлял для лорда Берли никакого интереса. Его еще некоторое время продержали за решеткой, а потом выслали из страны.