Особый отдел Гомельской ЧК работал в прифронтовых условиях. Его основной задачей была борьба с бандитизмом и польским шпионажем. В мае 1921 года гомельские чекисты, внедрив своего агента, раскрыли в городе штаб так называемого «Западного областного комитета», который структурно входил в «Народный союз защиты Родины и свободы». Последним руководил бывший эсеровский боевик, вдохновитель и организатор убийства великого князя Владимира Александровича, экс-заместитель военного министра Временного правительства Борис Савинков. Именно по его указанию в июле 1918 года в Ярославле был поднят кровавый мятеж. После подавления мятежа Савинков перешел на службу польской, французской и английской разведок.
Эйтингон участвовал в операции «Крот», в результате которой в Гомеле были арестованы около ста членов «Западного областного комитета». Тогда же Наум лично арестовал в Минске уполномоченного «Народного союза защиты Родины и свободы» Эдуарда Опперпута-Стауница. В 1921 году Эйтингон не раз участвовал в ликвидации вооруженных банд Савинкова, и в октябре в местечке Давыдовка Гомельской области в ходе боестолкновения с бандитами получил тяжелое ранение. Из госпиталя Наум вышел лишь через полгода и в марте 1922 года убыл в Стерлитамак, чтобы приступить к обязанностям члена коллегии Башкирского отдела ГПУ.
В Башкирии Эйтингон служил до мая 1923 года, затем Центр направил его на работу в Восточный отдел Секретно-оперативного управления ГПУ. Отдел был призван объединить деятельность чекистов на Кавказе, в Туркестане, Башкирии, Татарии, Хивинской и Бухарской народных советских республиках, а также в Крыму, то есть в так называемой «сфере специфической восточной контрреволюции и шпионажа».
Из Отдела Эйтингон был направлен «для пополнения образования» на учебу в Военную академию РККА (ныне Академия им. М. В. Фрунзе), где два года овладевал военными и общеобразовательными дисциплинами, а также иностранными языками.
По окончании Академии Эйтингона приняли в Иностранный отдел ОГПУ и вскоре назначили на должность заместителя главы резидентуры ИНО ОГПУ в Шанхае. Туда он прибыл в конце 1925 года под прикрытием должности вице-консула с паспортом на имя Наумова Леонида Александровича.
Через год Эйтингон возглавил «легальную» резидентуру в Пекине, которая действовала с позиций советского генерального консульства. В апреле 1927 года молодой разведчик получил очередное повышение по службе: стал «резаком» — главой резидентуры в Харбине, самого крупного подразделения ИНО ОГПУ в Китае. Харбин был его «последним окопом» на невидимом фронте в Юго-Восточной Азии — в июле 1929 года в связи с разрывом дипломатических отношений с Китаем его отозвали в Москву.
Остается добавить, что в какой бы резидентуре Эйтингон ни работал во время «китайской разведсессии», особое внимание он уделял приобретению источников информации, обновлению сети информаторов и насыщению ее ценными агентами. Своих сотрудников Эйтингон учил: «Если соль профессии официанта — в чаевых, журналиста — в поиске сенсаций, то соль профессии разведчика-агентуриста — в вербовках. Завершив успешно одну вербовку, он начинает думать о следующей. Ему постоянно надо кого-то обращать в свою веру, чтобы закрома родной службы беспрерывно пополнялись «новобранцами» — секретными агентами». И еще: «Разведчик-агентурист, как и санитары природы, не питаются падалью. Они — хищники, заманивающие в свои капканы больных животных».
В Центре Эйтингон недолго находился «на низком старте» и вскоре был назначен главой «легальной» резидентуры ИНО ОГПУ в Стамбуле. Там он «сидел под корягой» — работал под прикрытием — атташе генерального консульства СССР…
Во времена правления Кемаля Ататюрка советской внешней разведке удалось наладить некое подобие взаимовыгодного сотрудничества с турецкими спецслужбами. Под руководством Эйтингона сотрудники резидентуры успешно разрабатывали дипломатические представительства Австрии, Японии и Франции. Они проникли в секреты этих миссий, в частности читали почту французского военного атташе, и без особых усилий добывали сведения о деятельности различных групп антисоветской эмиграции — азербайджанской, северокавказской, украинской.
Поскольку условия ведения разведывательной работы с позиций Стамбула были исключительно благоприятными, в середине 1928 года Центр принял решение организовать там нелегальную резидентуру для работы по Ближнему Востоку и для создания агентурной сети в Палестине и Сирии. По протекции Мейера Трилиссера, в тот период начальника ИНО ОГПУ, резидентом был назначен Яков Блюмкин, персонаж с зигзагообразной биографией.