После смерти Бориса Годунова начались опаснейшая борьба за впасть, расслоения в государственной элите, среди бояр, усиление иноземного влияния. Все это привело к тому, что Патриарх Иов оказался единственной личностью, которому верили и слово которого воспринимали. И покуда хватало сил у Святейшего, он защищал законный государственный строй, пытался преодолеть разномыслия в светской элите, поддерживал пусть и не очень популярного, но законного царя Василия Шуйского, понимая, что наличие законной власти есть непременное условие мира, благополучия и стабильного развития общества.
Но царь Василий Шуйский был низвергнут, и бояре приняли в качестве царя не просто ставленника иноземной державы, но пряного проводника иноземного влияния и иноземной власти на Русскую землю. Настало время Лжедмитрия, и, чтобы придать ему легитимность, от Патриарха Иова требовали признать самозванца. Но он этого не сделал и был низвергнут. Именно на месте, на котором я стою, мой блаженно почивший святой предшественник святитель Иов собственными руками снял с себя панагию и положил перед Владимирским образом Божией Матери — в знак того, что он уходит, но не принимает условий врага, не дает благословения иноземной власти, незаконной и ложной. И святитель был отправлен в Старицкий монастырь, в Тверскую землю, откуда и был родом, в монастырь, с которого началось его Патриаршество.
А когда после низвержения Лжедмитрия был избран законный Патриарх Ермоген, мощи которого также почивают здесь, святитель Иов не пожелал вернуться в Москву, будучи человеком больным и практически потерявшим зрение.
Разоблаченные Кириллом бояре, перед тем как при звать Лжедмитрия, 1 июня 1605 года низвергли и убили не Василия Шуйского, а сына скончавшегося царя Бориса Годунова — Федора. Именно ему и сохранял верность, патриарх Иов, которому наследовал признавший Лже Дмитрия патриарх Игнатий. Лишь после того как 18 май 1606 года Лжедмитрий был убит заговорщиками во главе с Василием Шуйским, Игнатия лишили сана и возвели на его место Гермогена.
Один из крупнейших церковных историков митрополит Макарий (Булгаков) писал, что
Этим Патриарх очень напоминает коммунистических историков, вымарывавших из анналов то Троцкого, то Берию, но партийные летописцы хотя бы не путали сведения из курса средней школы и знали, что Шуйский царствовал после Лжедмитрия, а не наоборот.